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regex - 使用grep进行模糊字符串匹配

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 14:43:21 35 4
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我正在尝试匹配包含字符串的文件中的行,比如 ACTGGGTAAACTA .如果
我愿意

grep "ACTGGGTAAACTA" file 

它给了我完全匹配的行。有没有办法允许一定数量的错配(替换、插入或删除)?例如,我正在寻找序列
  • 最多 3 个允许的替换,如“AGTGGGTAACCAA”等。
  • 插入/删除(具有部分匹配,如“ACTGGGAAAATAAACTA”或“ACTAAACTA”)
  • 最佳答案

    以前有个工具叫agrep用于模糊正则表达式匹配,但它被放弃了。

    http://en.wikipedia.org/wiki/Agrep有一些历史和相关工具的链接。

    https://github.com/Wikinaut/agrep看起来像是复活的开源版本,但我还没有测试过。

    如果失败,看看你是否能找到 tre-agrep为您的发行版。

    关于regex - 使用grep进行模糊字符串匹配,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/30355972/

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