regex - 使用grep进行模糊字符串匹配

Question

我正在尝试匹配包含字符串的文件中的行，比如 ACTGGGTAAACTA .如果
我愿意

grep "ACTGGGTAAACTA" file 

它给了我完全匹配的行。有没有办法允许一定数量的错配(替换、插入或删除)？例如，我正在寻找序列

最多 3 个允许的替换，如“AGTGGGTAACCAA”等。

插入/删除(具有部分匹配，如“ACTGGGAAAATAAACTA”或“ACTAAACTA”)

Answer 1

以前有个工具叫agrep用于模糊正则表达式匹配，但它被放弃了。

http://en.wikipedia.org/wiki/Agrep有一些历史和相关工具的链接。

https://github.com/Wikinaut/agrep看起来像是复活的开源版本，但我还没有测试过。

如果失败，看看你是否能找到 tre-agrep为您的发行版。