bioinformatics - 修剪 Illumina 在 bam/sam 文件中读取

Question

我发现有很多工具可用于修剪 fastq 格式的 reads，但是否有任何工具可用于修剪已对齐的 reads？

Answer 1

我个人不鼓励在比对您的读段后对读段进行修整，尤其是当您尝试修整的序列是接头序列时。

这些接头序列的存在将阻止您的读取与基因组正确比对(根据我的经验，您应该获得的比对百分比要低得多)。由于您的比对已经不准确，因此在比对后修剪序列(垃圾输入，垃圾输出)将毫无意义。

在对齐之前修剪 fastq 文件会更好。