r - 如何使用 ggplot2 在连续轴上指示组(例如染色体)？

Question

这就是我要绘制的内容:

使用 ggplot2，我可以绘制正确的条形图，但 x 轴上标明的是位点编号而不是染色体编号。它只是绘制每个条形图的编号，如 1,2,...,500，但不显示染色体。我怎样才能做到这一点？

可重现的例子:

p <- ggplot(data = info, aes(x = number,y= Fst,fill = Chromesome))
p + geom_bar(stat = "identity") + labs(x = "Chromosome", y =Fst)

number Chromosome   Fst
1       1           0.5
2       1           0.6
3       2           0.7
4       2           0.9
5       3           0.7
6       3           0.1
7       4           0.3
8       4           0.4
9       5           0.5
10      5           0.6
11      6           0.7
12      6           0.8
13      7           0.9

Answer 1

显而易见的方法是使用 scale_x_continuous 并设置手动中断和标签，但是...

我以前用过的一种方法是使用带有自由刻度和空间的刻面。

创建一些随机数据

info <- data.frame(number = 1:800,
                   Fst = runif(800),
                   Chromosome = rep(1:5, c(300, 200, 100, 100, 100)))

你的情节

请注意，您有一些拼写错误导致了错误。

p <- ggplot(data = info, aes(x = number, y = Fst, fill = factor(Chromosome))) +
  geom_bar(stat = "identity") + labs(x = "Chromosome", y = "Fst")

添加分面和自定义主题

p + facet_grid(~Chromosome, scales = 'free_x', space = 'free_x', switch = 'x') + 
  theme_classic() + 
  theme(axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        panel.margin = unit(0, "lines"))

您可以关闭轴扩展以使条形彼此完全相邻，但我个人非常喜欢这些间隙。

p + facet_grid(~Chromosome, scales = 'free_x', space = 'free_x', switch = 'x') + 
  theme_classic() + 
  theme(axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        panel.margin = unit(0, "lines")) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0))