r - 如何使用 inst/extdata 中的文件？ R 包检查防止在 R 3.6 中使用 system.file()

Question

我正在编写 R 包并尝试使用外部文件。我把它放在inst/extdata并使用 system.file("extdata", "file.csv", package = "mypackage")在我的函数中加载文件。官方手册只描述了这种从inst/extdata获取数据的方式.
但是在构建过程中我得到了错误ERROR: hard-coded installation path: please report to the package maintainer and use '--no-staged-install'论坛说system.file()是不好的做法，但我应该如何在我的包中使用行数据？
这个问题是2018年更新后出现的，发现可以用StagedInstall: no在描述文件中，但这是作弊，不是吗？
我想在函数中使用原始文件(作为预先计算的静态表)并在示例中作为输入文件。我的 R 版本是 3.6.2。

Answer 1

发生该错误是因为包源代码是在安装时执行的，而不是在加载包时执行。此外，starting with R 3.6 , 软件包安装在临时路径中，而不是安装在其实际的最终安装位置。
因此，system.file当直接在文件范围内的包内(即不在函数内)调用时，将返回虚假路径。这就是您收到的错误消息试图传达的内容。
一旦你知道了这一点，解决方案就相当简单:不要拨打 system.file在包构建过程中。相反，在包加载期间调用它；也就是说，里面 .onLoad :

.onLoad = function (libname, pkgname) {
    datafile = system.file("extdata", "file.csv", package = "mypackage")
    assign('datafile', datafile, envir = topenv())
}

这会导致变量 datafile在您的包命名空间中创建，您现在可以从其他地方访问它。

Forums said that system.file() is bad practice

不，使用 system.file绝对不是坏习惯；相反，需要访问您的包 extdata。不好的做法是在文件范围内调用函数。但是在函数内部调用它是文件。

I found that I can use StagedInstall: no in DESCRIPTION file, but this is cheating, isn't it?

事实上，这是“作弊”，绝对不推荐作为适当的解决方案。