r - R中的轮廓图

Question

我有一组数据，其中包含:
项目，关联的簇，轮廓系数。如有必要，我可以使用更多信息进一步扩充此数据集。

我想在R中生成一个轮廓图。我遇到了麻烦，因为遇到的示例都使用了内置的kmeans(或相关)聚类函数来绘制结果。我想绕过此步骤并为我自己的聚类算法生成图，但是最后我没有为图函数提供正确的参数。

谢谢你。

编辑

数据集示例https://pastebin.mozilla.org/8853427

我尝试过的是使用基于https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/silhouette.html的各种参数加载数据集并将其传递给plot函数

Answer 1

软件包silhouette中的函数cluster可以为您做图。它只需要一个集群成员向量(由您选择的任何一种算法产生)和一个不相似矩阵(可能最好使用与产生集群相同的矩阵)。例如:

library (cluster)
library (vegan)
data(varespec)
dis = vegdist(varespec)
res = pam(dis,3) # or whatever your choice of clustering algorithm is
sil = silhouette (res$clustering,dis) # or use your cluster vector
windows() # RStudio sometimes does not display silhouette plots correctly
plot(sil)

编辑:对于k-均值(使用平方的欧几里得距离)

library (vegan)
library (cluster)
data(varespec)
dis = dist(varespec)^2
res = kmeans(varespec,3)
sil = silhouette (res$cluster, dis)
windows() 
plot(sil)