r - 在 gtsummary 中添加 OR，使用 beta/log(OR) 和 SE

Question

我想在下表的 log(OR) 前加上 OR:

library(tidyverse)
library(gtsummary)

dat <- 
  iris %>% 
  filter(Species != "setosa") 
  
glm(Species ~ ., family = binomial(), data = dat) %>% 
  tbl_regression() %>% 
  modify_column_hide(columns = ci) %>% 
  modify_column_unhide(columns = std.error)

任何想法还是不可能的？谢谢。

Answer 1

您可以使用 modify_table_body() 添加带有 OR 的新列。添加新列后，您需要添加列标题并指示用于设置新列样式/格式的函数。

library(tidyverse)
library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.2'
dat <- 
  iris %>% 
  filter(Species != "setosa") 

tbl <-
  glm(Species ~ ., family = binomial(), data = dat) %>% 
  tbl_regression() %>% 
  # add OR to `.$table_body`
  modify_table_body(
    ~.x %>%
      mutate(estimate_exp = exp(estimate), .before = estimate)
  ) %>%
  # style new column with header and formatting function
  modify_header(estimate_exp ~ "**OR**") %>%
  modify_fmt_fun(estimate_exp ~ style_sigfig) %>%
  # hide CI and show SE
  modify_column_hide(columns = ci) %>% 
  modify_column_unhide(columns = std.error)

^{由 reprex package 创建于 2021-09-18 (v2.0.1)}