r - object.size() 报告小于 .Rdata 文件的大小

Question

我试图找出存储特定对象的实际内存要求。我尝试了两种方法:

object.size(obj)

save(obj, file = "obj.Rdata")并检查文件大小。

.Rdata 文件被压缩，所以它总是小于 object.size()已经返回，直到我看到这个对象:

> object.size(out)
144792 bytes
> save(out, file = "out.Rdata")
# the file has 211 759 bytes

当我在新的 R 中打开文件并运行时 object.size(out) ，它再次报告 144792 字节。
知道这是怎么发生的吗？
我不想在这里发布完整的对象，因为它包含关闭的数据，但我至少可以发布 str 输出(它是 R2jags::jags 调用的输出 - 类 rjags 的对象):

> str(out)
List of 6
 $ model             :List of 8
  ..$ ptr      :function ()  
  ..$ data     :function ()  
  ..$ model    :function ()  
  ..$ state    :function (internal = FALSE)  
  ..$ nchain   :function ()  
  ..$ iter     :function ()  
  ..$ sync     :function ()  
  ..$ recompile:function ()  
  ..- attr(*, "class")= chr "jags"
 $ BUGSoutput        :List of 24
  ..$ n.chains       : int 2
  ..$ n.iter         : num 1000
  ..$ n.burnin       : num 500
  ..$ n.thin         : num 1
  ..$ n.keep         : int 500
  ..$ n.sims         : int 1000
  ..$ sims.array     : num [1:500, 1:2, 1:5] -5.86e-06 -3.78e-02 6.92e-02 4.33e-02 4.34e-02 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : chr [1:5] "alpha" "beta" "deviance" "overdisp_sigma" ...
  ..$ sims.list      :List of 5
  .. ..$ alpha         : num [1:1000, 1] 0.04702 -0.00818 0.03757 0.00799 0.00369 ...
  .. ..$ beta          : num [1:1000, 1] -0.135 -0.2082 -0.0112 -0.129 -0.1613 ...
  .. ..$ deviance      : num [1:1000, 1] 16028 22052 16127 16057 16141 ...
  .. ..$ overdisp_sigma: num [1:1000, 1] 0.26506 0.00821 0.24998 0.25793 0.26013 ...
  .. ..$ yr_reff_sigma : num [1:1000, 1] 0.1581 0.176 0.0695 0.1052 0.1043 ...
  ..$ sims.matrix    : num [1:1000, 1:5] 0.04702 -0.00818 0.03757 0.00799 0.00369 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : chr [1:5] "alpha" "beta" "deviance" "overdisp_sigma" ...
  ..$ summary        : num [1:5, 1:9] 3.16e-03 -1.20e-01 1.68e+04 2.29e-01 1.19e-01 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:5] "alpha" "beta" "deviance" "overdisp_sigma" ...
  .. .. ..$ : chr [1:9] "mean" "sd" "2.5%" "25%" ...
  ..$ mean           :List of 5
  .. ..$ alpha         : num [1(1d)] 0.00316
  .. ..$ beta          : num [1(1d)] -0.12
  .. ..$ deviance      : num [1(1d)] 16835
  .. ..$ overdisp_sigma: num [1(1d)] 0.229
  .. ..$ yr_reff_sigma : num [1(1d)] 0.119
  ..$ sd             :List of 5
  .. ..$ alpha         : num [1(1d)] 0.0403
  .. ..$ beta          : num [1(1d)] 0.0799
  .. ..$ deviance      : num [1(1d)] 2378
  .. ..$ overdisp_sigma: num [1(1d)] 0.0702
  .. ..$ yr_reff_sigma : num [1(1d)] 0.036
  ..$ median         :List of 5
  .. ..$ alpha         : num [1(1d)] 0.00399
  .. ..$ beta          : num [1(1d)] -0.123
  .. ..$ deviance      : num [1(1d)] 16209
  .. ..$ overdisp_sigma: num [1(1d)] 0.252
  .. ..$ yr_reff_sigma : num [1(1d)] 0.111
  ..$ root.short     : chr [1:5] "alpha" "beta" "deviance" "overdisp_sigma" ...
  ..$ long.short     :List of 5
  .. ..$ : int 1
  .. ..$ : int 2
  .. ..$ : int 3
  .. ..$ : int 4
  .. ..$ : int 5
  ..$ dimension.short: num [1:5] 0 0 0 0 0
  ..$ indexes.short  :List of 5
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  ..$ last.values    :List of 2
  .. ..$ :List of 4
  .. .. ..$ alpha         : num [1(1d)] 0.0296
  .. .. ..$ beta          : num [1(1d)] -0.0964
  .. .. ..$ deviance      : num [1(1d)] 16113
  .. .. ..$ overdisp_sigma: num [1(1d)] 0.265
  .. ..$ :List of 4
  .. .. ..$ alpha         : num [1(1d)] 0.0334
  .. .. ..$ beta          : num [1(1d)] -0.228
  .. .. ..$ deviance      : num [1(1d)] 16139
  .. .. ..$ overdisp_sigma: num [1(1d)] 0.257
  ..$ program        : chr "jags"
  ..$ model.file     : chr "model.txt"
  ..$ isDIC          : logi TRUE
  ..$ DICbyR         : logi TRUE
  ..$ pD             : num 2830902
  ..$ DIC            : num 2847738
  ..- attr(*, "class")= chr "bugs"
 $ parameters.to.save: chr [1:5] "alpha" "beta" "overdisp_sigma" "yr_reff_sigma" ...
 $ model.file        : chr "model.txt"
 $ n.iter            : num 1000
 $ DIC               : logi TRUE
 - attr(*, "class")= chr "rjags"

Answer 1

发生这种情况的一种方式是，如果对象具有需要保存的关联环境，则它是有意义的。这在“闭包”的上下文中最常见 (see here for one explanation) .

没有可重现的示例(并且我自己也没有使用 R2jags)我无法告诉您这是否是您的情况，但至少看起来是合理的，因为:(a) 闭包似乎是最常见的造成这种情况的原因； (b) 基于 str(out) 的输出，你的对象似乎包含一堆函数； (c) 似乎这可能是组织像 MCMC 这样的计算量大且可能可并行化的过程的有用方法。

## Define a function "f" that returns a closure, here assigned to the object "y"
f <- function() {
    x <- 1:1e6
    function() 2*x
}
y <- f()
environment(y)
# <environment: 0x0000000008409ab8>

object.size(y)
# 1216 bytes

save(y, file="out.Rdata")
file.info("out.Rdata")$size
# [1] 2128554