sqlalchemy:使用别名从多个连接中选择特定列

Question

这已经被难住了一天多，我能找到的例子没有奏效。我是 SQLALCHEMY 的新手，我发现文档不是很有启发性。

查询(到目前为止):

prey = alias(ensembl_genes, name='prey')
bait = alias(ensembl_genes, name='bait')
query = db.session.query(tap,prey,bait).\
    join(prey, tap.c.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID==prey.c.ENSEMBL_GENE_ID).\
    join(bait, tap.c.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID==bait.c.ENSEMBL_GENE_ID).\
    filter(\
      or_(\
        tap.c.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID=='ENSG00000100360',\
        tap.c.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID=='ENSG00000100360'\
      )\
    ).\
    order_by(desc(tap.c.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT))

tap 指的是一个相互作用的基因表。一个交互者被指定为“诱饵”，另一个被指定为“猎物”。 Prey 和 Bait 是同一个表的别名，该表包含有关这些基因的附加信息。目标是选择与给定基因“ENSG00000100360”的所有相互作用作为诱饵或猎物。

问题:

这个查询返回大约 20 个左右的列，但我只需要六个特定的列，每个原始表中有两个(我也想重命名它们)。从interwebz上找到的例子我想我应该添加:

  options(
      Load(tap).load_only('TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT','TAP_SEQUENCE_COVERAGE'),
      Load(prey).load_only('ENSEMBL_GENE_SYMBOL','ENSEMBL_GENE_ID'),
      Load(bait).load_only('ENSEMBL_GENE_SYMBOL','ENSEMBL_GENE_ID')
    )

但这给了我以下错误:

File "/Users/jvandam/Github/syscilia/tools/BDT/quest/blueprints/genereport.py", line 246, in createTAPMSView Load(tap).load_only('TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT','TAP_SEQUENCE_COVERAGE') File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/sqlalchemy/orm/strategy_options.py", line 82, in init self.path = insp._path_registry AttributeError: 'Table' object has no attribute '_path_registry'

我在谷歌上找不到任何关于如何处理的信息。
sqlalchemy 表对象是从数据库表元数据创建的。

我试图使用 sqlalchemy orm 语句模拟的是:

SELECT
prey.ENSEMBL_GENE_SYMBOL AS PREY_ENSEMBL_GENE_SYMBOL,
prey.ENSEMBL_GENE_ID AS PREY_ENSEMBL_GENE_ID,
bait.ENSEMBL_GENE_SYMBOL AS BAIT_ENSEMBL_GENE_SYMBOL,
bait.ENSEMBL_GENE_ID AS BAIT_ENSEMBL_GENE_ID,
t.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT AS UNIQUE_PEPTIDE_COUNT,
t.TAP_SEQUENCE_COVERAGE AS SEQUENCE_COVERAGE
FROM TAP as t
INNER JOIN ENSEMBL_GENES AS prey
  ON tap.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID=prey.ENSEMBL_GENE_ID
INNER JOIN ENSEMBL_GENES AS bait
  ON t.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID=bait.ENSEMBL_GENE_ID
WHERE
  t.TAP_PREY_ENSEMBL_GENE_ID='ENSG00000100360' 
  OR t.TAP_BAIT_ENSEMBL_GENE_ID='ENSG00000100360'
ORDER BY t.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT DESC

谁能帮我解决我的查询？
提前致谢!
约翰

Answer 1

只需更改这部分 db.session.query(tap,prey,bait).\与以下:

db.session.query(\
    prey.ENSEMBL_GENE_SYMBOL.label("PREY_ENSEMBL_GENE_SYMBOL"),
    prey.ENSEMBL_GENE_ID.label("PREY_ENSEMBL_GENE_ID"),
    bait.ENSEMBL_GENE_SYMBOL.label("BAIT_ENSEMBL_GENE_SYMBOL"),
    bait.ENSEMBL_GENE_ID.label("BAIT_ENSEMBL_GENE_ID"),
    tap.TAP_UNIQUE_PEPTIDE_COUNT.label("UNIQUE_PEPTIDE_COUNT"),
    tap.TAP_SEQUENCE_COVERAGE.label("SEQUENCE_COVERAGE"),
).\
select_from(tap).\  # @note: need this in so that FROM and JOINs are in desired order

这将仅选择您需要的列。