蛇形临时()导致不必要的规则重新运行

Question

我正在使用snakemake v 5.4.0，但遇到了temp() 问题。在假设场景中:

Rule A --> Rule B1 --> Rule C1
     |
      --> Rule B2 --> Rule C2 

where Rule A generates temp() files used by both pathways 1 (B1 + C1) and 2 (B2 + C2).

如果我运行管道，RuleA 生成的 temp() 文件在两个路径中使用后都会被删除，这正是我所期望的。但是，如果我想重新运行 Pathway 2，则必须重新创建 RuleA 的 temp() 文件，这会触发整个管道的重新运行，而不仅仅是 Pathway2。对于长管道，这在计算上变得非常昂贵。除了不使用 temp() 之外，还有什么好的方法可以防止这种情况发生？ ，在我的情况下，这需要许多 TB 的额外硬盘空间？

Answer 1

您可以创建输入文件列表来规则 all ，或无论第一个规则被称为什么，动态地取决于路径 2 的输出是否已经存在(并满足一些健全性检查)。

output= ['P1.out']
if not os.path.exists('P2.out'): # Some more conditions here...
    output.append('P2.out')

rule all:
    input:
        output

rule make_tmp:
    output:
        temp('a.out')
    shell:
        r"""
        touch {output}
        """

rule make_P1:
    input:
        'a.out'
    output:
        'P1.out'
    shell:
        r"""
        touch {output}
        """

rule make_P2:
    input:
        'a.out'
    output:
        'P2.out'
    shell:
        r"""
        touch {output}
        """

然而，这在某种程度上违背了使用蛇形的意义。如果必须重新创建 Pathway 1 的输入，您如何确保其输出仍然是最新的？