python - Deeptools 找不到存在的文件

Question

我的一个实习生正在尝试使用 deeptools 的 bamCoverage 函数，它抛出了 '/my/dir/data.bam' file does not exist错误，尽管文件在那里。是的，该文件确实存在，我们可以使用 bash 命令很好地操作它，因此它没有真正的理由抛出该错误。
根据 this thread ，这可能是 pysam 或 python 的问题。两者都是最新的。你知道我如何进一步调查 pysam 或 python IO 的问题吗？
所有这一切都发生在我们团队使用的服务器上。他的用户 session 的python路径可能有问题吗？
作为引用，这是我在 bash 终端中运行的代码。这是非常基本的:

my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ bamCoverage -p 8 -b /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam -o /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG/G0-G00.Inputs.RPGC.bw --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 -bs 10
The file '/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam' does not exist  
my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ ll /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam
-rwxr-xr-x 1 my.name bioinfo 4171366400 juin  22 10:14 /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam

在过去的一年里，我大概使用了这条线 100 次，但现在它找不到该文件。
我还尝试使用 conda 在我的主目录中安装 deeptools，但这会产生相同的错误。
编辑:显然，这只是那个文件的问题。 bamCoverage 将适用于其他数据文件。如果 deeptools 会告诉您，而不仅仅是“找不到文件”，那就太好了……

Answer 1

It would be helpful to see what code is being run here - please,provide a minimal reproducible example, including the full output / error, if at all possible.

现在，我可以想到常见问题的 4 种可能解决方案:

如评论中所述，提供 完整路径可能是一种解决方案。您可以使用 pwd 获取完整路径。在文件所在的文件夹中执行 bash 命令，然后在字符串的末尾添加文件名。

有时对相对(本地)路径有帮助的另一件事是 以“.”开头的路径 ，所以路径应该是这样的:'./my/dir/data.bam' .

我遇到的另一个问题(主要是在 Windows 环境中运行时)是必须使用反斜杠:'\my\dir\data.bam'

为了完整起见，我会提到，尤其是对于初学者来说，路径经常被错误地提供而没有逗号(使其成为字符串)，但这里似乎并非如此。

希望这可以帮助!