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我正在开发一个 R 包并尝试在其中使用并行处理来解决一个令人尴尬的并行问题。我想编写一个循环或函数来使用我包中的其他函数。我在 Windows 上工作,我尝试过使用 parallel::parLapply
和 foreach::%dopar%
,但无法让工作人员(核心)访问我的包中的功能。
这是一个包含两个函数的简单包的示例,其中第二个函数使用 %dopar%
在并行循环中调用第一个函数。 :
add10 <- function(x) x + 10
slowadd <- function(m) {
cl <- parallel::makeCluster(parallel::detectCores() - 1)
doParallel::registerDoParallel(cl)
`%dopar%` <- foreach::`%dopar%` # so %dopar% doesn't need to be attached
foreach::foreach(i = 1:m) %dopar% {
Sys.sleep(1)
add10(i)
}
stopCluster(cl)
}
当我用
devtools::load_all()
加载包时并调用
slowadd
功能,
Error in { : task 1 failed - "could not find function "add10""
被退回。
add10 <- function(x) x + 10
slowadd <- function(m) {
cl <- parallel::makeCluster(parallel::detectCores() - 1)
doParallel::registerDoParallel(cl)
`%dopar%` <- foreach::`%dopar%` # so %dopar% doesn't need to be attached
foreach::foreach(i = 1:m, .packages = 'mypackage') %dopar% {
Sys.sleep(1)
add10(i)
}
stopCluster(cl)
}
但我收到错误
Error in e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data) : worker initialization failed: there is no package called 'mypackage'
.
foreach
的解决方案会很棒,但我对使用
parLapply
的解决方案完全开放或其他功能/包。
最佳答案
由于人们的有用评论,我能够使用我的包的功能初始化工作人员。通过确保所有需要的包函数都导出到 NAMESPACE 中,并使用 devtools::install()
安装我的包。 , foreach
能够找到用于初始化的包。该示例的 R 脚本如下所示:
#' @export
add10 <- function(x) x + 10
#' @export
slowadd <- function(m) {
cl <- parallel::makeCluster(parallel::detectCores() - 1)
doParallel::registerDoParallel(cl)
`%dopar%` <- foreach::`%dopar%` # so %dopar% doesn't need to be attached
out <- foreach::foreach(i = 1:m, .packages = 'mypackage') %dopar% {
Sys.sleep(1)
add10(i)
}
stopCluster(cl)
return(out)
}
这是有效的,但它不是一个理想的解决方案。首先,它使工作流程变慢。我正在使用
devtools::load_all()
每次我对包进行更改并想对其进行测试时(在合并并行性之前),但现在我每次都必须重新安装包,当包很大时这很慢。其次,并行循环中需要的每个函数都需要导出,以便
foreach
可以找到。我的实际用例有很多我宁愿保留在内部的小型实用程序功能。
关于r - 如何初始化工作人员以并行使用包函数,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/63526526/
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