xcode - OS X Mavericks 上的 RcppArmadillo 编译错误

Question

这是 Element-Wise Matrix Multiplication in Rcpp 上问题的后续内容。

自从升级到 Mavericks 以来，我在使用 RcppArmadillo 时遇到了许多不同类型的错误。我安装了 Xcode 5.0.2 和命令行工具。此外，来自 Homebrew 的 gfortran。但是我一直遇到以下错误-

> cppFunction("arma::mat schur(arma::mat& a, arma::mat& b) 
                       { return(a % b); }", depends="RcppArmadillo")


ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [sourceCpp_18474.so] Error 1
clang++  -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -    I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/RcppArmadillo/include"    -fPIC  "-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion" -c fileaf992bfb8f84.cpp -o fileaf992bfb8f84.o clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o sourceCpp_18474.so fileaf992bfb8f84.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -lgfortran /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/lib/libRcpp.a -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation 
Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  : 
Error 1 occurred building shared library.

WARNING: The tools required to build C++ code for R were not found.

Please install Command Line Tools for XCode (or equivalent).

# Contents of Makevars
$ cat ~/.R/Makevars 
CC=clang
CXX=clang++ 
CXXFLAGS="-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion"
FLIBS=-lgfortran

评论 FLIBS=-lgfortran没有帮助并导致更多错误消息 -

> cppFunction("arma::mat schur(arma::mat& a, arma::mat& b) { return(a % b); }", depends="RcppArmadillo")
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [sourceCpp_50381.so] Error 1

提前致谢。

更新

根据下面 Kevin 和 Dirk 的回复建议，我从源代码重新安装了 Rcpp、RcppArmadillo 和 inline，并更新了 FLIBS 以指向实际目录。这解决了这个问题。

# Update FLIBS in ~/.R/Makevars
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
#Re-Install from source
install.packages(c("Rcpp","RcppArmadillo","inline"),type="source")
#Restart R

Answer 1

编辑:如果您是 Homebrew 用户，您现在需要使用 brew install gcc ( gfortran 不再与 gcc 分开提供)，然后您可以按照说明 here设置。

您必须将库符号链接(symbolic link)到 /usr/local/lib手动:
ln -s /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.* /usr/local/lib/
我以为 brew link gfortran会处理这个，但显然它只是符号链接(symbolic link) gfortran程序而不是实际的库。所以，不幸的是，你必须自己做。

(将 4.8.2 替换为您使用的 gfortran 中的任何版本的 homebrew。)

或者，如果您不想修改 /usr/local/lib ， 您可以使用

FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran

在您的 ~/.R/Makevars文件，所以 R 知道在哪里可以找到 gfortran图书馆。