r - knitr 缓存 : update if data file changes but not other options (e. g., `fig.xyz` )

Question

假设我使用 knitr ，我有一个需要一段时间才能运行的块，我希望这个块在文件更改时更新，但如果我例如更改 fig.path .后来建议我换cache chunk option to 1但后来我不能按照建议使用校验和 here .

这是 Markdown 文件的示例

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title: "Example"
author: "Benjamin Christoffersen"
date: "September 2, 2018"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
data_file <- "~/data.RDS"
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file))
```

```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to that result do not change
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```

运行 set.seed(1): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS")和针织产量



然后运行 ​​ set.seed(2): saveRDS(rnorm(100), "~/data.RDS")和针织产量



显示 large_computation未按原样更新，因为 cache.extra不在 knitr:::cache1.opts向量。当然，我可以保存 md5sum结果，检查以前存储的文件并使用 cache.rebuild或在 large_computation 中做类似的事情块，但用 knitr 会很好解决方案。我经常发现我更改了一些块选项(例如， dpi 、 fig.width 和 fig.height )所以使用 cache = TRUE不管用。我想可以修改包以便能够向 knitr:::cache1.opts 添加选项.

Answer 1

如果我正确理解问题，问题是 cache.extra如果 cache 不考虑设置为 1 .事实上，this is by design .

如果外部文件(或更一般地说:提供给 cache = 1 的某些值)发生更改，则所需的行为是使所有块(包括带有 cache.extra 的块)的缓存无效。

如问题中所述，实现此目的的一种方法是使用 chunk option cache.rebuild 但不是手动跟踪外部文件中的更改，我会利用 knitr 的内置缓存功能:

```{r cachecontrol, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

将此作为早期块添加，如果 data_file，所有后续块的缓存将失效。变化。这个想法是缓存控制后续块缓存的块——但前提是外部文件没有改变。

当然，这只适用于在 cachecontrol 之前没有更改全局块选项的情况。块被评估。

问题的完整示例:

运行 set.seed(1); saveRDS(rnorm(100), "data.RDS")用不同的种子生成不同的外部文件，然后编织:

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title: "Invalidate all chunks condidional on external file (even if cache=1)"
output: html_document
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```{r}
data_file <- "data.RDS"
```

```{r cachecontrol, include = FALSE, cache = TRUE, cache.extra = tools::md5sum(data_file)}
# do NOT change global chunk options before this chunk
knitr::opts_chunk$set(cache.rebuild = TRUE)
```

```{r setup, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, fig.width = 8)
```


```{r load_data}
dat <- readRDS(data_file)
```

```{r large_computation, cache = 1}
Sys.sleep(10)
Sys.time() # just to show that result do not change unless external file changes
```

```{r make_some_plot}
hist(dat)
```