r - 创建新 R 包时如何正确组织小插图和 inst 文件夹

Question

在问我之前，我承认这个问题的许多部分已经在其他堆栈中被触及，我已经阅读了 Hadley Wickham inst 和小插图部分，但我仍在努力解决我的警告。抱歉，如果这个问题有点啰嗦，我会尽量做到彻底。

我的问题涉及我的 package_tutorial。

我收到的第一个警告是:

> checking files in ‘vignettes’ ... WARNING
  Files in the 'vignettes' directory but no files in 'inst/doc':
  ‘package_tutorial.Rmd’, ‘package_tutorial.pdf’

在 Hadley Wickham 的文档中，它指出“inst/docs:这是小插图的旧约定，应避免在现代软件包中使用。”那么为什么 CMD 检查要求将小插图放在 inst/doc 文件夹中？我将概述问题末尾附近的小插图和 inst 文件夹中的内容。

我得到的下一个警告如下:

> checking package vignettes in ‘inst/doc’ ... WARNING
  dir.exists(dir) is not TRUE
  Package vignette without corresponding single PDF/HTML:
     ‘package_tutorial.Rmd’

我没有 doc 文件夹，因为很明显 inst/doc 文件夹已过时。当我使用 inst/doc 文件夹中的小插图进行 CMD 检查时，doc 文件夹将被删除。我知道这可能是重建过程的一部分。

可能有助于解决此问题的其他信息:

文件夹构造(仅适用于小插图和 inst 文件夹):

包-inst-extdata-package_tutorial.pdf

包-inst-extdata-package_tutorial.Rmd

package - inst - extdata - plots - 小插图使用的几个图

包 - 小插曲 - package_tutorial.pdf

包 - 小插图 - package_tutorial.Rmd

我尝试了不同的选项，即在 extdata 中没有 Rmd 文件，在小插图文件夹中没有 pdf 文件，但可惜这并没有解决问题。

YAML 元数据:

---
title: "package tutorial"
author: "Krutik Patel"
output:
        pdf_document: 
                keep_tex: true
                toc: true
                toc_depth: 5
                fig_width: 5
                fig_heigh: 4
                fig_caption: true
                df_print: kable 
                highlight: tango
                citation_package: natbib
vignette: >
        %\VignetteIndexEntry{package tutorial}
        %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
        \usepackage[utf8]{inputenc}

构建工具选项:
构建和重新加载 - R CMD INSTALL 附加选项:

--no-multiarch --with-keep.source --resave-data

检查包 - R CMD INSTALL 附加选项:

--as-cran --no-build-vignettes

构建源包 - R CMD INSTALL 附加选项:

--compact-vignettes="both"

我确实希望这是足够的信息来帮助我解决我的问题。我希望这是我从未见过的愚蠢的事情。非常感谢任何指导帮助。

Answer 1

我收到此错误:

Files in the 'vignettes' directory but no files in 'inst/doc'

在两台机器(iMac 和 MacBookPro)上执行 R CMD 检查后，立即更新到 R 4.0.2 和 RStudio 1.3.1056。在每种情况下，它都是通过运行 devtools::build_vignettes() 和 pkgdown::build_site() 解决的。以下是我的笔记:
R CMD 检查错误(也在 MacBookPro 上看到):
'vignettes' 目录中的文件，但 'inst/doc' 中没有文件
解决者:

install.packages("devtools")
install.packages("testthat")
devtools::build_vignettes()
install.packages("pkgdown")
library(pkgdown)
pkgdown::build_site()