r - R中的马氏距离

Question

我在 StatMatch ( http://cran.r-project.org/web/packages/StatMatch/StatMatch.pdf ) 包中找到了 mahalanobis.dist 函数，但它并没有完全按照我的意愿行事。它似乎在计算从 data.y 中的每个观察到 data.x 中的每个观察的马氏距离

我想计算 data.y 中的一个观察值与 data.x 中的所有观察值的马氏距离。如果有意义的话，基本上计算一个点到“云”点的马氏距离。有点了解一个观察值是另一组观察值的一部分的概率

这个人( http://people.revoledu.com/kardi/tutorial/Similarity/MahalanobisDistance.html )似乎正在这样做，我试图在 R 中复制他的过程，但是当我到达等式的底部时它失败了:

mahaldist = sqrt((inversepooledcov %*% t(meandiffmatrix)) %*% meandiffmatrix)

我正在使用的所有代码都在这里:

a = rbind(c(2,2), c(2,5), c(6,5),c(7,3))

colnames(a) = c('x', 'y')

b = rbind(c(6,5),c(3,4))

colnames(b) = c('x', 'y')

acov = cov(a)
bcov = cov(b)

meandiff1 = mean(a[,1]) - mean(b[,1])

meandiff2 = mean(a[,2]) - mean(b[,2])

meandiffmatrix = rbind(c(meandiff1,meandiff2))

totaldata = dim(a)[1] + dim(b)[1]

pooledcov = (dim(a)[1]/totaldata * acov) + (dim(b)[1]/totaldata * bcov)

inversepooledcov = solve(pooledcov)

mahaldist = sqrt((inversepooledcov %*% t(meandiffmatrix)) %*% meandiffmatrix)

Answer 1

如何使用mahalanobis stats 中的函数包裹:

 mahalanobis(x, center, cov, inverted = FALSE, ...)