pymc - 如何在PyMC3中采样多个链

Question

我正在尝试在PyMC3中采样多个链。在PyMC2中，我将执行以下操作:

for i in range(N):
    model.sample(iter=iter, burn=burn, thin = thin)

我应该在PyMC3中做同样的事情吗？我看到'sample'方法中有一个'njobs'参数，但是当我为其设置值时会抛出错误。我想使用采样链来获取“pymc.gelman_rubin”输出。

Answer 1

要串行运行它们，您可以对PyMC 2使用类似的方法
例子。主要区别在于，每次调用sample都会返回一个
多链跟踪实例(在此实例中仅包含一条链)
案件)。 merge_traces将采用多链实例的列表，并且
创建具有所有链的单个实例。

#!/usr/bin/env python3

import pymc as pm
import numpy as np

from pymc.backends.base import merge_traces

xobs = 4 + np.random.randn(20)

model = pm.Model()
with model:
    mu = pm.Normal('mu', mu=0, sd=20)
    x = pm.Normal('x', mu=mu, sd=1., observed=xobs)
    step = pm.NUTS()

with model:
    trace = merge_traces([pm.sample(1000, step, chain=i)
                          for i in range(2)])