对于声明为本地的规则，snakemake 中未激活 Conda 环境

Question

我在使用 Snakemake v5.26.1 时遇到问题，我不确定这是错误还是我做错了什么。
我有以下规则:

rule multiqc:
input:
    expand('results/{project}/fastqc/{sample}/{sample}_R{idx}_fastqc.{ext}', project=PROJECT, sample=SAMPLES, idx=[1,2], ext=['html', 'zip'])
output:
    html = 'results/{project}/fastqc/multiqc_report.html'
params:
    out = lambda wildcards, output: os.path.dirname(output['html'])
conda:
    'envs/multiqc.yaml'
shell:
    'multiqc --force -o {params.out} {params.out}'

哪里 multiqc.yaml是 conda 的规范环境与 multiqc安装。
例如，当我使用 snakemake --profile profiles/local/ 在本地执行管道时一切都按预期工作。也是这种情况，当我使用 tibanna在云端执行代码时: snakemake --profile profiles/aws/ .到现在为止还挺好。
上面的规则很轻量级，在本地执行是有意义的，所以我有声明 localrules: all, multiqc在我的某处 Snakefile这就是问题开始的地方。在这种情况下，当我在云端执行代码时，似乎 conda在 multiqc.yaml 中定义的环境未自动安装或激活，我收到 command 'multiqc' not found错误。我目前用来绕过这个问题的黑客是安装 multiqc在本地，但这种解决方案很丑陋，并且会影响管道的可移植性。我怀疑我可以通过使用 singularity 来解决这个问题。图像与 multiqc已安装，但仍然最优雅的解决方案是以某种方式制作 conda: 'envs/multiqc.yaml'规则工作的一部分。
上述行为是预期的还是错误(在我的代码或 snakemake 中)？解决此问题的最佳解决方案是什么(可能使用 singularity 图像)？
提前谢谢了。

Answer 1

一些想法:

要激活 conda 环境，您需要添加选项 --use-conda在蛇形中，即snakemake --use-conda ...

你真的需要在自己的 conda 环境中执行 multiqc 吗？如果您可以在本地安装和运行 multiqc 而不会与其他 snakemake 规则发生冲突，我怀疑您不需要专用的环境。

如果以上所有方法都失败了，我宁愿将 multiqc 作为集群的作业运行，而不是作为本地规则运行，以避免您提到的复杂解决方案。