r - 如何绘制具有定义颜色的 igraph 社区？

Question

我可以使用下面的代码来生成和绘制社区:

 wc <- walktrap.community(subgraph)
 modularity(wc)
 membership(wc)

 layout <-layout.fruchterman.reingold(subgraph)

 plot(wc, subgraph,  layout=layout, vertex.label=NA, vertex.size=5, edge.arrow.size=.2)

但是，社区的颜色是自动的，我有两个问题:

我可以自定义社区颜色吗？

我可以在社区区域添加一些文字吗？

Answer 1

是的，你可以做这两件事。使用 plot.igraph 中的参数可以直接根据节点所在的模块更改节点的颜色(以及更改模块周围多边形的颜色)。 .向模块添加文本并不是那么简单，据我所知，最简单的解决方案是手动将文本添加到绘图中。

library(igraph)

# Generate random graph and community structure
set.seed(23)
g <- sample_gnm(15, 45)
wc <- walktrap.community(g)

# Plot
par(mfrow=c(1,2), mar=rep(1,4))
layout <-layout.fruchterman.reingold(g)
plot(wc, g, layout=layout, vertex.label=NA, vertex.size=5,  edge.arrow.size=.2)

# Change colors of nodes, polygons, and polygon borders
new_cols <- c("white", "red", "black")[membership(wc)]
plot(wc, g, col=new_cols, mark.border="black", mark.col=c("tan", "pink", "lightgray"), 
    layout=layout, vertex.label=NA, vertex.size=5, edge.arrow.size=.2)

# Add labels
text(c(-1.15, 0.8, 0.9), c(0.35, -0.7, 0.8), c("A", "B", "C"))