r - GenomicFeatures软件包安装问题

Question

很抱歉很快返回一个简单的安装问题，但是我自己无法解决此问题严重损害了我的生产率。无论如何，我尝试按照BC网站的建议安装GenomicFeatures。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")

我收到以下错误消息(除了几条警告消息)

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

因此，我猜想依赖项存在一些问题，但是奇怪的是，它们会在GF之前自动安装。我正在使用2.15.0版。关于可能是什么问题的任何线索？我很乐意根据需要提供更多信息。谢谢。

Answer 1

我相信Martin Morgan有一个解决方案，可以在评论中起作用。我会详细说明这一点。

错误消息告诉您需要安装RCurl和XML软件包。这两个软件包都要求您的系统上具有某些开发软件包。您似乎正在运行Linux。如果您使用的是基于Debian的系统(Debian，Ubuntu，Mint等)，则要安装RCurl，需要安装libcurl4-openssl-dev；要安装XML，则需要安装libxml2-dev。您可以通过在命令行中输入以下内容相对容易地完成此操作

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

那应该安装所需的软件包和任何依赖项。然后，您应该能够从R内部安装RCurl和XML软件包。

install.packages("RCurl")
install.packages("XML")

此时，您具有必需的依赖关系，并且应该能够从Bioconductor安装GenomicFeatures。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicFeatures")

只是对那些使用Windows的用户的说明-获取RCurl和XML不一定很容易，但是，Brian Ripley博士在 his website上提供了这些软件包的二进制文件，您可以从那里轻松下载它们。最初，当我看到RCurl和XML存在问题时，我以为它必须是Windows用户，直到我查看了实际的错误并意识到这是Linux用户。