python - 从numpy数组创建nifti文件

Question

我有一个要转换成nifti文件的numpy数组。通过文档，PyNIfTI似乎可以做到以下几点:

image=NiftiImage(Array)               

但是，不再支持PyNIfTI。 PyNIfTI的后继者NiBabel似乎不支持此功能。我肯定错过了什么。有谁知道如何做到这一点？

Answer 1

较新的NiBabel软件包中的替换功能将称为 Nifty1Image 。但是，您需要传入affine transformation，以定义该图像相对于某个引用系的位置。

最简单的形式如下所示:

import nibabel as nib
import numpy as np

data = np.arange(4*4*3).reshape(4,4,3)

new_image = nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4))

您还可以使用 Nifti2Image 写入NIfTI-2文件格式，这也需要进行仿射变换。