conda - 在 Nextflow 中执行 Singularity 容器时激活 conda 环境

Question

我正在使用 Singularity 容器从 Nextflow 工作流管理系统运行命令。我在 Singularity 中有一个 conda 环境，当我进入容器时可以激活它

singularity pull shub://brucemoran/Singularity:pcgr.centos7
singularity shell brucemoran-Singularity-pcgr.centos7.img
#<inside container>
source activate pcgr

当 Nextflow 执行时，我已经定义为 source activate pcgr我认为应该激活 conda env。但我得到了一个 unbound variable HOST警告。我认为这与非激活和后续使用变量有关，如果 env 被激活(？)，应该定义这些变量。

我希望容器在执行时激活 env (pcgr)。我试过

%run
 source activate pcgr 

和

%post
 source activate pcgr

但这对我不起作用

singularity exec pcgr.img which pcgr.py
which: no pcgr.py in ...

我看不出这是如何完成的，但假设这很容易，而且我在很大程度上忽略了一些东西!

帮助表示赞赏。

Answer 1

奇点中的 shell 在特殊环境中运行，因此标准 conda 对 .bashrc 的修改不工作。相反，您需要修改 $SINGULARITY_ENVIRONMENT多变的。您的 Singularity 定义文件中的这些内容应该可以工作:

# set to whatever your conda path is, I usually install to /opt
echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT
echo "conda activate pcgr" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT

这样 conda 环境将自动激活。如果您更喜欢在您的步骤中手动激活它，您可以省略第二行并在您的 %run 中执行此操作。脚步。
编辑:改为使用 .而不是 source与 /bin/sh 兼容，在下面的评论中提到