c - 使用 omp parallel for 但不是顺序时出现段错误

Question

我在使用#pragma omp parallel for 时遇到问题

基本上，我有数百个 DNA 序列，我想针对一种称为 NNLS 的算法运行这些序列。

我认为并行执行会大大加快速度，因此我应用了#pragma 运算符。

当我按顺序运行它时没有问题，结果很好，但是当我使用#pragma omp parallel 运行它时，我在算法中遇到了一个段错误(有时在不同的点)。

#pragma omp parallel for
for(int i = 0; i < dir_count; i++ ) {

  int z = 0;
  int w = 0;
  struct dirent *directory_entry;
  char filename[256];

  directory_entry = readdir(input_directory_dh);

  if(strcmp(directory_entry->d_name, "..") == 0 || strcmp(directory_entry->d_name, ".") == 0) {
    continue;
  }

  sprintf(filename, "%s/%s", input_fasta_directory, directory_entry->d_name);

  double *count_matrix = load_count_matrix(filename, width, kmer);

  //normalize_matrix(count_matrix, 1, width)
  for(z = 0; z < width; z++) 
    count_matrix[z] = count_matrix[z] * lambda;

  // output our matricies if we are in debug mode
  printf("running NNLS on %s, %d, %d\n", filename, i, z);
  double *trained_matrix_copy = malloc(sizeof(double) * sequences * width);
  for(w = 0; w < sequences; w++) {
    for(z = 0; z < width; z++) {
      trained_matrix_copy[w*width + z] = trained_matrix[w*width + z];
    }
  } 

  double *solution = nnls(trained_matrix_copy, count_matrix, sequences, width, i);


  normalize_matrix(solution, 1, sequences);
  for(z = 0; z < sequences; z++ )  {
    solutions(i, z) = solution[z]; 
  }

  printf("finished NNLS on %s\n", filename);

  free(solution);
  free(trained_matrix_copy);
}

gdb 总是在我的线程中以不同的品脱退出，所以我不知道出了什么问题。

我试过的:

分配每个矩阵的副本，这样它们就不会相互重叠

#pragma 片段

混合使用私有(private)/共享运算符

使用不同的输入序列

在调用 NNLS 之前写出我的 trained_matrix 和 count_matrix，确保它们看起来不错。 (他们这样做!)

我有点没主意了。有人有什么建议吗？

Answer 1

解决方案:确保在多线程时不要在函数中使用静态变量(该死的 f2c 翻译器)