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python-3.x - 具有周期性边界条件和输出对距离的 KDTree

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 13:00:50 40 4
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我想对位于周期框中的 >10k 点运行最近邻搜索,并将这些点的距离及其索引返回给我。
到目前为止,我尝试过 sklearn.neighbors.KDTree(positions).query_radius(positions, r=maximum_distance,return_distance=True)这会返回最大范围内的最近邻距离。半径,但是它不适用于周期性边界条件 (PBC)。我探索过的另一种方法是 scipy.spatial.cKDTree(positions, boxsize=box_size).query_pairs(r=maximum_distance)它与 PBC 一起使用,但不返回对之间的距离。
是否可以扩展 sklearn.neighbors.KDTree具有将 PBC 处理为 scipy.spatial.cKDTree 的能力做?
或者
是否可以扩展 scipy.spatial.cKDTree具有返回对距离的能力?

最佳答案

答案是:

scipy.spatial.cKDTree().query()

关于python-3.x - 具有周期性边界条件和输出对距离的 KDTree,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/57493283/

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