r - 错误 : only defined on a data frame with all numeric variables with ddply on large dataset

Question

我正在尝试按月、年、调查 ID 和网格 ID 为多个参数(例如 Er_Count、Mn_Count)计算一个非常大的数据集(~22000 条记录)的总和和均值。我最初尝试使用这段代码来获得总和:

dlply(Effort_All,c("Er_Count","Mn_Count","Bp_Count"),sum)

并收到以下错误:错误:仅在具有所有数字变量的数据框中定义由于我什至无法获得总和，因此我也无法通过特定变量获得统计数据。我是否需要以某种方式拆分数据？

我在下面包含了一个包含 25 条记录的示例数据集。

    structure(list(Grid_ID = structure(c(527L, 92L, 331L, 395L, 934L, 
    93L), .Label = c("1", "1,000", "1,001", "1,002", "1,003", "1,004", 
"1,005", "1,006", "1,007", "1,008", "1,009", "1,010", "1,011", 
"1,012", "1,013", "1,014", "1,015", "1,016", "1,017", "1,018", 
"1,019", "1,020", "1,021", "1,022", "1,023", "1,024", "1,025", 
"1,026", "1,027", "1,028", "1,029", "1,030", "1,031", "1,032", 
"1,033", "1,034", "1,035", "1,036", "1,037", "1,038", "1,039", 
"1,040", "1,041", "1,042", "1,043", "1,044", "1,045", "1,046", 
"1,047", "1,048", "1,049", "1,050", "1,051", "1,052", "1,053", 
"1,054", "1,055", "1,056", "1,057", "1,058", "1,059", "1,060", 
"1,061", "10", "100", "101", "102", "103", "104", "105", "106", 
"107", "108", "109", "11", "110", "111", "112", "113", "114", 
"115", "116", "117", "118", "119", "12", "120", "121", "122", 
"123", "124", "125", "126", "127", "128", "129", "13", "130", 
"131", "132", "133", "134", "135", "136", "137", "138", "139", 
"14", "140", "141", "142", "143", "144", "145", "146", "147", 
"148", "149", "15", "150", "151", "152", "153", "154", "155", 
"156", "157", "158", "159", "16", "160", "161", "162", "163", 
"164", "165", "166", "167", "168", "169", "17", "170", "171", 
"172", "173", "174", "175", "176", "177", "178", "179", "18", 
"180", "181", "182", "183", "184", "185", "186", "187", "188", 
"189", "19", "190", "191", "192", "193", "194", "195", "196", 
"197", "198", "199", "2", "20", "200", "201", "202", "203", "204", 
"205", "206", "207", "208", "209", "21", "210", "211", "212", 
"213", "214", "215", "216", "217", "218", "219", "22", "220", 
"221", "222", "223", "224", "225", "226", "227", "228", "229", 
"23", "230", "231", "232", "233", "234", "235", "236", "237", 
"238", "239", "24", "240", "241", "242", "243", "244", "245", 
"246", "247", "248", "249", "25", "250", "251", "252", "253", 
"254", "255", "256", "257", "258", "259", "26", "260", "261", 
"262", "263", "264", "265", "266", "267", "268", "269", "27", 
"270", "271", "272", "273", "274", "275", "276", "277", "278", 
"279", "28", "280", "281", "282", "283", "284", "285", "286", 
"287", "288", "289", "29", "290", "291", "292", "293", "294", 
"295", "296", "297", "298", "299", "3", "30", "300", "301", "302", 
"303", "304", "305", "306", "307", "308", "309", "31", "310", 
"311", "312", "313", "314", "315", "316", "317", "318", "319", 
"32", "320", "321", "322", "323", "324", "325", "326", "327", 
"328", "329", "33", "330", "331", "332", "333", "334", "335", 
"336", "337", "338", "339", "34", "340", "341", "342", "343", 
"344", "345", "346", "347", "348", "349", "35", "350", "351", 
"352", "353", "354", "355", "356", "357", "358", "359", "36", 
"360", "361", "362", "363", "364", "365", "366", "367", "368", 
"369", "37", "370", "371", "372", "373", "374", "375", "376", 
"377", "378", "379", "38", "380", "381", "382", "383", "384", 
"385", "386", "387", "388", "389", "39", "390", "391", "392", 
"393", "394", "395", "396", "397", "398", "399", "4", "40", "400", 
"401", "402", "403", "404", "405", "406", "407", "408", "409", 
"41", "410", "411", "412", "413", "414", "415", "416", "417", 
"418", "419", "42", "420", "421", "422", "423", "424", "425", 
"426", "427", "428", "429", "43", "430", "431", "432", "433", 
"434", "435", "436", "437", "438", "439", "44", "440", "441", 
"442", "443", "444", "445", "446", "447", "448", "449", "45", 
"450", "451", "452", "453", "454", "455", "456", "457", "458", 
"459", "46", "460", "461", "462", "463", "464", "465", "466", 
"467", "468", "469", "47", "470", "471", "472", "473", "474", 
"475", "476", "477", "478", "479", "48", "480", "481", "482", 
"483", "484", "485", "486", "487", "488", "489", "49", "490", 
"491", "492", "493", "494", "495", "496", "497", "498", "499", 
"5", "50", "500", "501", "502", "503", "504", "505", "506", "507", 
"508", "509", "51", "510", "511", "512", "513", "514", "515", 
"516", "517", "518", "519", "52", "520", "521", "522", "523", 
"524", "525", "526", "527", "528", "529", "53", "530", "531", 
"532", "533", "534", "535", "536", "537", "538", "539", "54", 
"540", "541", "542", "543", "544", "545", "546", "547", "548", 
"549", "55", "550", "551", "552", "553", "554", "555", "556", 
"557", "558", "559", "56", "560", "561", "562", "563", "564", 
"565", "566", "567", "568", "569", "57", "570", "571", "572", 
"573", "574", "575", "576", "577", "578", "579", "58", "580", 
"581", "582", "583", "584", "585", "586", "587", "588", "589", 
"59", "590", "591", "592", "593", "594", "595", "596", "597", 
"598", "599", "6", "60", "600", "601", "602", "603", "604", "605", 
"606", "607", "608", "609", "61", "610", "611", "612", "613", 
"614", "615", "616", "617", "618", "619", "62", "620", "621", 
"622", "623", "624", "625", "626", "627", "628", "629", "63", 
"630", "631", "632", "633", "634", "635", "636", "637", "638", 
"639", "64", "640", "641", "642", "643", "644", "645", "646", 
"647", "648", "649", "65", "650", "651", "652", "653", "654", 
"655", "656", "657", "658", "659", "66", "660", "661", "662", 
"663", "664", "665", "666", "667", "668", "669", "67", "670", 
"671", "672", "673", "674", "675", "676", "677", "678", "679", 
"68", "680", "681", "682", "683", "684", "685", "686", "687", 
"688", "689", "69", "690", "691", "692", "693", "694", "695", 
"696", "697", "698", "699", "7", "70", "700", "701", "702", "703", 
"704", "705", "706", "707", "708", "709", "71", "710", "711", 
"712", "713", "714", "715", "716", "717", "718", "719", "72", 
"720", "721", "722", "723", "724", "725", "726", "727", "728", 
"729", "73", "730", "731", "732", "733", "734", "735", "736", 
"737", "738", "739", "74", "740", "741", "742", "743", "744", 
"745", "746", "747", "748", "749", "75", "750", "751", "752", 
"753", "754", "755", "756", "757", "758", "759", "76", "760", 
"761", "762", "763", "764", "765", "766", "767", "768", "769", 
"77", "770", "771", "772", "773", "774", "775", "776", "777", 
"778", "779", "78", "780", "781", "782", "783", "784", "785", 
"786", "787", "788", "789", "79", "790", "791", "792", "793", 
"794", "795", "796", "797", "798", "799", "8", "80", "800", "801", 
"802", "803", "804", "805", "806", "807", "808", "809", "81", 
"810", "811", "812", "813", "814", "815", "816", "817", "818", 
"819", "82", "820", "821", "822", "823", "824", "825", "826", 
"827", "828", "829", "83", "830", "831", "832", "833", "834", 
"835", "836", "837", "838", "839", "84", "840", "841", "842", 
"843", "844", "845", "846", "847", "848", "849", "85", "850", 
"851", "852", "853", "854", "855", "856", "857", "858", "859", 
"86", "860", "861", "862", "863", "864", "865", "866", "867", 
"868", "869", "87", "870", "871", "872", "873", "874", "875", 
"876", "877", "878", "879", "88", "880", "881", "882", "883", 
"884", "885", "886", "887", "888", "889", "89", "890", "891", 
"892", "893", "894", "895", "896", "897", "898", "899", "9", 
"90", "900", "901", "902", "903", "904", "905", "906", "907", 
"908", "909", "91", "910", "911", "912", "913", "914", "915", 
"916", "917", "918", "919", "92", "920", "921", "922", "923", 
"924", "925", "926", "927", "928", "929", "93", "930", "931", 
"932", "933", "934", "935", "936", "937", "938", "939", "94", 
"940", "941", "942", "943", "944", "945", "946", "947", "948", 
"949", "95", "950", "951", "952", "953", "954", "955", "956", 
"957", "958", "959", "96", "960", "961", "962", "963", "964", 
"965", "966", "967", "968", "969", "97", "970", "971", "972", 
"973", "974", "975", "976", "977", "978", "979", "98", "980", 
"981", "982", "983", "984", "985", "986", "987", "988", "989", 
"99", "990", "991", "992", "993", "994", "995", "996", "997", 
"998", "999"), class = "factor"), ER_Groups = c(2, 2, 2, 3, 5, 
6), Er_Count = c(60, 75, 14, 12, 8, 26), Mn_Count = c(30, 9, 6, 33, 
7, 12), Bp_Groups = c(1, 2, 1, 1, 0, 1), Bp_Count = c(3, 3, 2, 
5, 0, 6), Mn_Groups = c(1, 1, 3, 1, 0, 0), Month = c(10L, 6L, 
12L, 4L, 2L, 4L), Year = c(2000L, 2001L, 2009L, 2004L, 2002L, 
2001L), SurveyID = structure(c(16L, 24L, 93L, 56L, 34L, 22L), .Label = c("199708HS", 
"199808HS", "199908HS", "199909SSLQ", "199910SSL", "199911SSL", 
"200001SSLQ", "200002SSL", "200003SSLQ", "200004SSLQ", "200005SSL", 
"200006SSL", "200007SSL", "200008HS", "200008SSL", "200009SSL", 
"200010SSL", "200011SSL", "200101SSL", "200102SSL", "200103SSL", 
"200104SSL", "200105SSL", "200106SSL", "200107SSL", "200108HS", 
"200108SSL", "200109SSL", "200110SSL", "200111SSL", "200112SSL", 
"200201SSL", "200202SSL", "200203SSL", "200204SSL", "200205SSL", 
"200206SSL", "200207SSL", "200208HS", "200208SSL", "200210SSL", 
"200211SSL", "200212SSL", "200301SSL", "200302SSL", "200303SSL", 
"200304SSL", "200305SSL", "200306SSL", "200307SSL", "200309SSL", 
"200310SSL", "200311SSL", "200312SSL", "200403SSL", "200404SSL", 
"200405SSL", "200406SSL", "200407SSL", "200408HS", "200408SSL", 
"200409SSL", "200505SSL", "200506SSL", "200507SSL", "200510SSL", 
"200512SSL", "200603SSL", "200609SSL", "200612SSL", "200709GAP07", 
"200710GAP07", "200712GAP07", "200802GAP07", "200803GAP07", "200804GAP07", 
"200805GAP07", "200806GAP07", "200807GAP07", "200808GAP07", "200809GAP08", 
"200810GAP08", "200812GAP08", "200901GAP08", "200903GAP08", "200904GAP08", 
"200905GAP08", "200906GAP08", "200907GAP08", "200908GAP08", "200909GAP08", 
"200910GAP09", "200912GAP09", "201001GAP09", "201002GAP09", "201003GAP09", 
"201004GAP09", "201005GAP09", "201006GAP09", "201007GAP09", "201008GAP09", 
"201009GAP09", "201010GAP09", "201011GAP09", "201101GAP09", "201102GAP09", 
"201103GAP09", "201104GAP09", "201106GAP09", "201108GAP09", "201109GAP09", 
"201111GAP09", "201201GAP09", "201203GAP09", "201205GAP09", "201207GAP09", 
"201208GAP09", "201211GAP09", "201301GAP09", "201303GAP09", "201305GAP09", 
"201307GAP09", "201309GAP09", "201311GAP09"), class = "factor"), 
    Er_Group_Density = c(4, 9, 12, 4, 1, 0), Mn_Group_Density = c(3, 
    1, 1, 1, 0, 2), Bp_Group_Density = c(1, 2, 1, 0, 1, 0), Er_Count_Density = c(50, 
    14, 12, 9, 6, 4), Mn_Count_Density = c(9, 5, 2, 3, 2, 0), Bp_Count_Density = c(2, 
    3, 0, 4, 1, 0)), .Names = c("Grid_ID", "ER_Groups", "Er_Count", 
"Mn_Count", "Bp_Groups", "Bp_Count", "Mn_Groups", "Month", "Year", 
"SurveyID", "Er_Group_Density", "Mn_Group_Density", "Bp_Group_Density", 
"Er_Count_Density", "Mn_Count_Density", "Bp_Count_Density"), row.names = c(2770L, 
4421L, 17348L, 11263L, 6736L, 3974L), class = "data.frame")

Answer 1

有很多方法可以按组获取统计信息。我假设您偏爱 plyr，因为您的示例使用了它。

请记住，dlply() 通过分组变量将数据拆分为更小的数据帧，然后它将请求的函数应用于每个更小的数据帧。因此，您传递的函数应该在整个数据帧上运行。 sum() 不这样做。不过，您可以编写自己的函数。

根据你的描述，你想要的是这样的

myfun <- function(x) colSums(x[, c("Er_Count", "Mn_Count", "Bp_Count")])
dlply(Effort_All, c("Month", "Year", "Grid_ID", "SurveyID"), myfun)

请记住，dlply() 的第二个参数是用于分组的变量集。不确定为什么要将输出作为列表。如果您使用 ddply(具有相同的参数)会更容易阅读吗？

其他方法包括使用 sqldf() 或类似 lapply() 的方法。

=============== 编辑:其他方法 =============

sqldf 总是很容易阅读和理解:

output <- sqldf('select Month,Year,Grid_ID,SurveyID,
                        sum(Er_Count) as ercount, 
                        sum(Mn_Count) as mncount,
                        sum(Bp_Count) as bpcount
                 from Effort_All 
                 group by Month, Year, Grid_ID, SurveyID')

lapply 的工作方式与 dlply 几乎相同。只是不同的论点。