使用 Makefile 并行化时，R markdown 文件与图形重叠

Question

我创建了一个简单的例子来展示我目前遇到的问题。

我有一个名为 example.Rmd 的 R-markdown 文件，其中包含以下代码

```{r}
plot(rnorm(10000))
```

和一个包含以下内容的 Makefile 文件

all : example01.html example02.html

example01.html : example.Rmd
    Rscript -e "library(knitr); knit2html(input='example.Rmd', output='example01.html')"

example02.html : example.Rmd
    Rscript -e "library(knitr); knit2html(input='example.Rmd', output='example02.html')"

如果我按顺序运行 Makefile 文件

make

没有问题。

如果我并行运行 makefile

make -j 2

knit2html 函数生成的块重叠，两个 html 文件包含相同的图像。

有什么建议吗？我一直在寻找解决方案，但一无所获。

Answer 1

使用 Karl 的想法，我编写了一个可能的解决方案。

all : example01.html example02.html

example01.html : example.Rmd
    mkdir -p dir_$@ 
    Rscript -e 'library(knitr); opts_knit$$set(base.dir = "dir_$@"); knit2html(input="example.Rmd", output="dir_$@/$@")'
    mv dir_$@/$@ .
    rm -r dir_$@

example02.html : example.Rmd
    mkdir -p dir_$@
    Rscript -e 'library(knitr); opts_knit$$set(base.dir = "dir_$@"); knit2html(input="example.Rmd", output="dir_$@/$@")'
    mv dir_$@/$@ .
    rm -r dir_$@

对初始代码有两个修改。

正如 Karl 所评论的，我已经包含了 opts_knit$set(base.dir="dir_example0?.html") 行，这样就可以在该路径中创建图形文件夹。

我在 Rscript -e 命令中交换了 "和 ' 符号，如评论 here

并行执行

make -j 2

工作正常。