snakemake - 如何访问 `shell` 部分内的 Snakemake 配置变量？

Question

在snakemake 中，我想从config 访问 key 。从内部shell:指示。我可以用 {input.foo} , {output.bar} , 和 {params.baz} ，但是 {config.quux}不支持。有没有办法实现这一目标？

rule do_something:
    input: "source.txt"
    output: "target.txt"
    params:
        # access config[] here. parameter tracking is a side effect
        tmpdir = config['tmpdir']
    shell:
        # using {config.tmpdir} or {config['tmpdir']} here breaks the build
        "./scripts/do.sh --tmpdir {params.tmpdir} {input} > {output}; "

我可以将我想要的配置部分分配给 params 下的一个键，然后使用 {param.x}替换，但这有不需要的副作用(例如，参数保存在蛇形元数据中(即 .snakemake/params_tracking)。使用 run: 而不是 shell: 将是另一种解决方法，但直接从 {config.tmpdir} 访问 shell块，将是最可取的。

Answer 1

"./scripts/do.sh --tmpdir {config[tmpdir]} {input} > {output}; "
应该在这里工作。

它在文档中说明:
http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/configuration.html#standard-configuration

“为了将配置占位符添加到 shell 命令中，Python 字符串格式化语法要求您省略键名周围的引号，如下所示:”

shell:
    "mycommand {config[foo]} ..."