r - 如何通过 make 在批量 Sweave 调用中使用 cacheSweave？

Question

我一直在使用 makefile 自动运行 Sweave 以使用 Jeromy Anglim 概述的方法在 R 中为我的分析报告运行。取得了巨大的成功。我最近听说了 cacheSweave 包，我想将该功能合并到我的 Rnw 文件中。我使用 ProjectTemplate 包在启动时加载所有必需的文件，这需要一些时间，因为我必须预处理原始数据文件。 cacheSweave 插图中的示例展示了如何在 R session 中使用 cacheSweave 驱动程序运行 Sweave:

library(cacheSweave)
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver)

我将如何在我的命令中使用 cacheSweaveDriver 以批处理模式运行 Sweave？在我的 makefile 中，这就是我调用 Sweave 的方式:

$(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw
        R CMD SWeave $(TEXFILE).Rnw
        R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw

我正在使用 Emacs+ESS 创建 .Rnw 文件并运行 make。这是我的makefile的其余部分以供引用:

TEXFILE=report_presentation
PLOTDIR= ../graphs
PLOTS=
FIGURES= $(PLOTDIR)/$(PLOTS)
INPUTS=

all: $(TEXFILE).pdf; make clean

.PHONY: all clean

 $(TEXFILE).pdf: $(TEXFILE).tex $(FIGURES) $(INPUTS)
# Initial run
pdflatex $(TEXFILE)

# Run bibtex if missing citations
@if(grep "Citation" $(TEXFILE).log > /dev/null);\
then \
    bibtex $(TEXFILE);\
    pdflatex $(TEXFILE); \
fi

# Recompile if instructed
@if(grep "Rerun" $(TEXFILE).log > /dev/null);\
then \
    pdflatex $(TEXFILE); \
fi

    $(TEXFILE).tex: $(TEXFILE).Rnw
        R CMD Sweave $(TEXFILE).Rnw
        R CMD Stangle $(TEXFILE).Rnw

    ## Remove unnecessary files
    clean:
       -rm -f $(TEXFILE).log $(TEXFILE).aux $(TEXFILE).out $(TEXFILE).blg $(TEXFILE).bbl $(TEXFILE).nav $(TEXFILE).snm $(TEXFILE).toc Rplots.pdf

Answer 1

Gregor Gorjanc 有一个 shell 脚本来允许:

http://ggorjan.blogspot.com/2008/11/sweavesh-plays-with-cachesweave.html

它比我自制的解决方案更优雅:制作一个名为“runcachesweave.R”的简单文件，其中包含:

library(cacheSweave)
Sweave("foo.Rnw", driver = cacheSweaveDriver)

然后调用 R CMD BATCH runcachesweave.R;latexmk -pdf foo.tex