python - 使用 rpy2 加载 R 包时 R 内核崩溃

Question

首先，我是 rpy2/jupyter 的新手，所以如果这不是问我问题的正确位置，请不要批评我。

我正在尝试使用 R 和 Python 设置集成的数据分析工作流程，但遇到以下错误:

我在 Ubuntu 19.04 上。使用 Jupyter 1.0.0、Python 3.7.4、R 3.5.1、r-irkernel 1.0.2 和 rpy2 3.1.0 运行 conda 环境，我通过 R 安装了 R-package Seurat。

当我使用 R 内核创建 Jupyter notebook 时，我可以使用 library(Seurat) 加载 Seurat 就好了。

我还可以使用 rpy2 和 rmagic 在 python 中使用 R 代码，例如:

%load_ext rpy2.ipython

%%R
data(allen, package = 'scRNAseq')
adata_allen <- as(allen, 'SingleCellExperiment')

然而，当我尝试使用 rpy2 加载 Seurat 时，内核崩溃了:

%%R
library(Seurat)

然后我收到以下消息:

Kernel Restarting
The kernel appears to have died. It will restart automatically

Jupyter 在命令行中给出以下消息:

[I 16:39:01.388 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5), keep random ports
kernel 23284ec0-63d5-4b61-9ffa-b52d19851eab restarted

请注意，使用 rpy2 可以很好地加载其他库，例如 library(dplyr)。

我完整的conda环境可以在附件中找到text file .

我似乎无法弄清楚是什么导致了这个问题。有没有办法从 Jupyter 获取更详细的错误消息？

非常感谢您的帮助!

问候费利克斯

Answer 1

R 包 Seurat 使用另一个名为 reticulate 的 R 包，提供从 R 到 Python 的桥梁。

不幸的是，每当涉及 rpy2 和 reticulate 时，R 最终都会被初始化两次，这不可避免地会导致段错误。在撰写本文时，这仍然是一个 Unresolved 错误。 rpy2 端的问题跟踪(可以在此处找到跟踪的 reticulate 端的链接)在这里:

https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/456/reticulate-rpy2-sharing-r-process