r - 如何在R中的Boxplot中绘制均值和标准误差

Question

我有两个分类因素('Habitat' 和'Locality')和一个连续变量(T)。 “栖息地”有两个级别，“地方”有八个级别。我想将默认的 mustache 更改为代表 SE，并将中位数更改为每个箱线图的平均值。有没有办法做到这一点，并在绘图时考虑到这两个分类因素？提前谢谢了。

这是我对 boxplot ggplot 的默认设置所做的，显示具有中值间隔的第一和第三四分位数。

ggplot(data,aes(x=Locality,y=T)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=interaction(Habitat,Locality), 
                   group=interaction(factor(Habitat),Locality)),
               outlier.shape=1,outlier.size=3) + 
  theme_bw() + 
  theme(
    panel.grid.major=element_blank(),
    panel.grid.minor=element_blank(),
    axis.line=element_line(colour='black'),
    legend.position='none',
    axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,size=12)) + 
  scale_y_continuous('T') + 
  xlab('Locality')

Answer 1

首先编写一个函数来计算 min、mean-1SEM、mean、mean+1SEM 和 Max。然后使用 stat_summary 将这 5 个值映射到箱线图上.

library(gridExtra)
library(ggplot2)

MinMeanSEMMax <- function(x) {
  v <- c(min(x), mean(x) - sd(x)/sqrt(length(x)), mean(x), mean(x) + sd(x)/sqrt(length(x)), max(x))
  names(v) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  v
}

g1 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) + geom_boxplot() +
  ggtitle("Regular Boxplot")

g2 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) +
  stat_summary(fun.data=MinMeanSEMMax, geom="boxplot", colour="red") + 
  ggtitle("Boxplot: Min, Mean-1SEM, Mean, Mean+1SEM, Max")


grid.arrange(g1, g2, ncol=2)