一个 dockerfile 中的 RStudio 和 Shiny

Question

我正在调查 docker分发 shiny也需要 RStudio 的应用程序。主要目标是在 Windows 下在医院轻松安装。在非 IT 人员安装期间，需要将字符输入到黑匣子中的所有内容肯定会失败。

我的 previous attempts使用过 vagrant，但单独安装 vagrant 被证明是一个障碍。
rocker存储库，有一个 RStudio 和一个 Shiny ，对于我自己的安装，两者都可以协同工作。但是，我想创建一个组合应用程序以便于安装。

推荐的工作流程是什么？从 RStudio 开始，手动添加 Shiny?
或者从 r-base 开始合并来自两个 Rockers 的 dockerfiles 代码？或者使用撰写工具？

Answer 1

一般来说，Docker 的重点是服务的隔离，以便它们可以在不影响其他人的情况下更新/更改。我的建议是使用 docker-compose ， 反而。下面是一个例子 docker-compose yaml 文件，它使用非常有用的 docker-gen by Jason Wilder 在同一服务器上的不同子域上同时提供 rstudio 和 Shiny。 .下面使用的所有 R docker 图像均由 Rocker 提供或者更直接Rocker Docker Hub .这些非常非常可靠，因为德克·埃德尔博伊特和卡尔·博蒂格制造了它们。在这个例子中，我还包含了 RStudio 的一些选项，例如设置用户/密码以及用户是否具有 root 访问权限。有关使用 Rocker RStudio 图像的更多说明，请访问 this wiki page :

更改以下内容:

your_user 到您在服务器上的用户名

SOME_USER 到您想要的 RStudio 用户名

SOME_PASS 到您想要的 Rstudio 密码

*.DOMAIN.tld 到您的域，不要忘记为您的子域添加 A 记录。

nginx1:
  image: nginx
  container_name: nginx
  ports:
  - "80:80"
  - "443:443"
  volumes:
    - /etc/nginx/conf.d
    - /etc/nginx/vhost.d
    - /usr/share/nginx/html
    - /home/your_user/services/volumes/proxy/certs:/etc/nginx/certs:ro

nginx-gen:
  links:
    - "nginx1"
  image: jwilder/docker-gen
  container_name: nginx-gen
  volumes:
    - /var/run/docker.sock:/tmp/docker.sock:ro
    - /home/your_user/services/volumes/proxy/templates/nginx.tmpl:/etc/docker-gen/templates/nginx.tmpl:ro
  volumes_from:
    - nginx1
  entrypoint: /usr/local/bin/docker-gen -notify-sighup nginx -watch -only-exposed -wait 5s:30s /etc/docker-gen/templates/nginx.tmpl /etc/nginx/conf.d/default.conf

rstudio:
  links:
    - "nginx1"
  image: rocker/hadleyverse
  container_name: rstudio
  ports:
    - "8787:8787"
  environment:
    - VIRTUAL_PORT=8787
    - ROOT=TRUE
    - VIRTUAL_HOST=rstudio.DOMAIN.tld
    - USER=SOME_USER
    - PASSWORD=SOME_PASS

shiny:
  links:
    - "nginx1"
  image: rocker/shiny
  container_name: shiny
  environment:
    - VIRTUAL_HOST=shiny.DOMAIN.tld
  volumes:
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/apps:/srv/shiny-server/
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/logs:/var/log/
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/packages:/home/shiny/

添加更多像博客这样的服务是微不足道的，例如，只需按照模式或在互联网上搜索 docker-compose您的服务的版本并添加它。