bash - 将流程脚本中生成的文件内容保存到 Nextflow 变量中

Question

我有一个 Nextflow 进程，它使用 bash 脚本 ( check_bam.sh ) 生成文本文件。该文本文件内容的唯一选项是 0 或任何其他数字。我想提取该 0 或其他值并将其保存到 Nextflow 变量中，以便能够使用条件，如果文件的内容为 0，则 Nextflow 脚本应该跳过一些进程，并且如果它是任何其他不为零的数字，则执行应完全执行。我在使用 Nextflow 条件和将 channel 设置为空时没有问题，但在将脚本部分内部生成的值保存到 Nextflow 变量以使用外部进程的部分中。
生成带有 0 或其他数字的文件( result_bam.txt )的过程如下(我已对其进行了简化以使其尽可能清晰):

process CHECK_BAM {

input:
path bam from channel_bam

output:
path "result_bam.txt"
path "result_bam.txt" into channel_check_bam

script:
"""
bash bin/check_bam.sh $bam > result_bam.txt
"""

我正在检查的是 BAM 文件中映射读取的数量，我想将该数字保存到 Nextflow 变量中，因为如果数字为零，则执行应跳过以下大部分过程，但如果数字不同大于零，这意味着文件中有映射读取，执行应按预期继续。
我想也许使用 cat result_bam.txt > $FOO或 FOO=``cat result_bam.txt ` 可能是一个解决方案，但我不知道如何正确保存它，以便该变量在进程之间可用。

Answer 1

使用 env channel从 FOO=``cat result_bam.txt 获取数据并把它变成一个 channel 。