R:有时 system.file 无法按文档工作

Question

system.file我的包示例中的命令有时会意外地失败，而在其他时候却会通过。我不理解为什么。

我通常使用:

> system.file("examples", "trees.xml", package="RNeXML", mustWork=TRUE)

这通常有效，但有时会失败(即使在交互式 session 中):

Error in system.file("examples", "trees.xml", package = "RNeXML", mustWork = TRUE) : 

没有找到文件

当它失败时，我可以让它工作:

> system.file("examples", "trees.xml", lib.loc = .libPaths()[1], package="RNeXML", mustWork=TRUE)
[1] "/home/cboettig/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RNeXML/examples/trees.xml"

这对我来说没有任何意义，因为 system.file 的文档说它会检查 libPaths如果 lib.loc 没有值，则自动提供。

那么，如果我给出 .libPaths()[1]，它为什么会起作用？明确的？

似乎明确告诉我的包使用第一个路径， .libPaths()[1] ，会不太稳定。

Answer 1

因为这是一个 heisenbug , 设置 options(error = recover)当提示输入帧数时，选择一个让您进入 system.file 的帧数。 . (有关我将要解释的更多信息，请参阅 Hadley 的 Exceptions and Debugging tutorial 。)然后逐步使用调试器并确定是否 packagePath使用 find.package(package, lib.loc, quiet = TRUE) 正确加载.我检查了后一个函数并没有立即发现任何错误，因此它可能是特定于系统的。你能发一下你的sessionInfo()吗？ ?

如 packagePath很好，那么答案就在 system.file 的其余部分中 body :

FILES <- file.path(packagePath, ...)
present <- file.exists(FILES)
if (any(present))
   FILES[present]
else ""

这将使我们的生活变得非常艰难，因为我怀疑这些功能中的任何一个都存在问题。如 packagePath不是您所期望的，您可以使用 recover帧数提示再次潜回 system.file ，这次输入 debug(find.package)这样您就可以逐步执行该功能。检查 dirs和 paths后 for (lib in lib.loc) ，并逐步通过少数 if s 随之而来。

如果这些都不起作用，并且您没有发现任何恶作剧(这对于逐步调试器的透明度来说非常困难)，您可以随时尝试 dump.frames 并为我们上传文件。我不确定它会有多大用处，因为即使我们安装相同的软件包，也可能存在路径问题，但值得一试。

最后，如果您不关心上述所有内容，那么有效的 hack 将是:

trees_path <- ""
for(lib in .libPaths()) {
  trees_path <- system.file("examples", "trees.xml", lib.loc = lib, package="RNeXML", mustWork = FALSE)
  if (trees_path != "") break;
}
if (trees_path == "") stop("examples/trees.xml not found using any library paths")