r - 在 R 中拆分图形网络字符串

Question

我有以下来自贝叶斯网络学习算法的字符串(例如来自 bnlearn 或 deal 包):

[1] "[wst|af:bq:rloss_s:pre3][af|bq][d|wst:af:con:rloss_s][bq|con][con|af][rloss_s|af:con:pre3][pre3|af:con]"

字符串定义了变量之间的连接以及连接的方向。括号中每一项的第一个变量 ([...]) 表示一个节点，| 后面的所有变量表示与第一个节点方向相连的节点。这些变量由 : 分隔。

我想将字符串转换成一个 data.frame 来代表每个变量之间的联系。它应该看起来像这样:

> data.frame(string_table)
      from      to
1       af     wst
2       bq     wst
3  rloss_s     wst
4     pre3     wst
5       bq      af
6      wst       d
7       af       d
8      con       d
9  rloss_s       d
10     con      bq
11      af     con
12      af rloss_s
13     con rloss_s
14    pre3 rloss_s
15      af    pre3
16     con    pre3

Answer 1

我会在这里使用图形工具而不是字符串操作。下面举例说明

library(bnlearn)

d = clgaussian.test
m = hc(d)

所以你有字符串/模型

bnlearn::modelstring(m)
#[1] "[A][B][C][H][D|A:H][F|B:C][E|B:D][G|A:D:E:F]"

使用bnlearn循环获取每个节点的父节点

stack(sapply(nodes(m), function(x) parents(m, x)))

或者在邻接矩阵上使用igraph得到边列表

library(igraph)
as_edgelist(graph_from_adjacency_matrix(amat(m)))

编辑:

似乎 bnlearn 有提取边缘的功能

arcs(m)