r - 写入制表符分隔文件或 csv 文件

Question

我有一个 RMA 规范化数据(来自 CEL 文件)，想将它写入一个我可以在 excel 中打开的文件，但遇到了一些问题。

library(affy)
cel <- ReadAffy()
pre<-rma(cel)
write.table(pre, file="norm.txt", sep="\t")
write.table(pre, file="norma.txt")

输出在使用上述命令编写的文本文件中按行排列，因此当导出到 excel 时，它的格式错误，并且由于最大行用完，许多信息被切断。输出如下所示:

GSM 133971.CEL 5.85302 3.54678 6.57648 9.45634
GSM 133972.CEL 4.65784 3.64578 3.54213 7.89566
GSM 133973.CEL 6.78543 3.54623 2.54345 7.89767   

如何以正确的格式将其从 R 中的 CEL 文件写入记事本或 excel？

Answer 1

您需要使用 exprs 函数从标准化探针中提取值。像这样的东西:

write.csv(exprs(pre), file="output.csv", row.names=FALSE)

应该可以解决问题。