r - 矩阵的成对偏相关，由一个变量控制

Question

我有一个 100 列的表，我想对其运行成对的偏相关，使用 ppcor 中的 pcor.test 函数控制第 100 列的变量包裹。 R 中是否有任何偏相关函数，我可以使用类似 rcorr 的返回值，获取整个矩阵的成对相关但仅由一个变量控制？

Answer 1

这听起来像是一个 n 列矩阵，你想要输出前 n-1 列的成对相关的 (n-1) x (n-1) 矩阵，控制最后一个(使用 pcor.test 函数来自 ppcor 包)。

您可以使用 sapply 函数执行此操作，遍历每一列并使用 pcor.test 计算它与所有其他列的相关性:

# Sample dataset with 5 columns
set.seed(144)
dat <- matrix(rnorm(1000), ncol=5)

# Compute the 4x4 correlation matrix, controlling for the fifth column
library(ppcor)
sapply(1:(ncol(dat)-1), function(x) sapply(1:(ncol(dat)-1), function(y) {
  if (x == y) 1
  else pcor.test(dat[,x], dat[,y], dat[,ncol(dat)])$estimate
}))
#              [,1]        [,2]       [,3]        [,4]
# [1,]  1.000000000 -0.01885158 0.06037621 0.004032437
# [2,] -0.018851576  1.00000000 0.09560611 0.097152907
# [3,]  0.060376208  0.09560611 1.00000000 0.105123093
# [4,]  0.004032437  0.09715291 0.10512309 1.000000000