R ggpubr : add mean horizontal line & pair comparisons by group?

Question

我最近发现很棒 ggpubr包裹。当我与多个小组合作时，我喜欢将我的数据拆分为多个方面 ( facet.by )。

我的问题由与同一张图相关的两个子问题组成。我想要

每组添加唯一的平均水平线 , 和

仅按组绘制显着比较

我的目标是显示箱线图及其对比较显着性值。由于显着性可能因组而异，我可以只绘制显着组，或指定显着比较，并按组单独绘制它们。

示例数据:

library(ggpubr)
library(ggplot2)  

# Create data
# :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth

# Create basic plot
p <- ggboxplot(df, 
               x = "dose", 
               y = "len",
               color = "dose", 
               palette =c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
               add = "jitter",
               facet.by = "supp", # define faceting 
               shape = "dose")

# Add horizontal line per each group???
p + geom_hline(yintercept = mean(df$len), #aggregate(len ~ supp, df, mean)$len, # mean(df$len), 
               linetype = 2,
               group = "supp")

造成

.

我试图计算每组的平均值( #aggregate(len ~ supp, df, mean)$len )，但它只添加了两行。

要指定配对箱线图以显示显着性结果，我可以添加

my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )

显着性结果取决于组。然而，我只想展示重要的比较。如何仅指定每组重要的对？就像是:

my_comp_OJ <- list( c("0.5", "1"), c("0.5", "2"))
my_comp_VC <- list(  c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2"))

申请 hide.ns = TRUE仅隐藏 ns ，但保持线对的指示。

p +  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,
                        label = "p.signif",
                        hide.ns = TRUE) +   # Add pairwise comparisons p-value 
    stat_compare_means(label.y = 50)        # Add global p-value

Answer 1

您必须计算每个组的总平均值，并有一个 data.frame 表示平均值来自哪个组。

> aggregate(len ~ supp, data = df, FUN = mean)
  supp      len
1   OJ 20.66333
2   VC 16.96333

将其包含在 geom_hline 中是微不足道的.

grand.means <- aggregate(len ~ supp, data = df, FUN = mean)
ggboxplot(df, 
          x = "dose", 
          y = "len",
          color = "dose", 
          palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
          add = "jitter",
          facet.by = "supp", # define faceting 
          shape = "dose") +
  geom_hline(data = grand.means, aes(yintercept = len),
             linetype = 2,
             group = "supp")

注意这里有一个 data争论和我男人 len至 yintercept内 aes称呼。这使得 ggplot意识到它正确适用 aes变量到相应的组，无论您如何应用它们。



至于调整后的重要性栏，我认为没有现成的答案，因为 ggpubr电话 ggsignif确实有 manual参数但前者没有实现它，至少在我浏览源代码时可以看到。我认为有这条线很好，因为它表明进行了比较，即使它不重要。