r - 在数据框的某些列上使用 t.test 和 apply

Question

我正在尝试计算数据框中某些特定列的 p 值。

df <- data.frame(
  expa_1=sample(c(rnorm(40,5,1) + 30)),
  expa_2=sample(c(rnorm(40,5,1) + 30)),
  expa_3=sample(c(rnorm(40,5,1) + 30)),
  expb_1=sample(c(rnorm(40,15,1) + 30)),
  expb_2=sample(c(rnorm(40,15,1) + 30)),
  expb_3=sample(c(rnorm(40,15,1) + 30)))
apply(df,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6])$p.value)

所以这是我的小例子，似乎工作正常......如果我要从中计算 p 值的列不止于此，则会出现错误。

df <- data.frame(names=c(letters,LETTERS[1:14]),
                 expa_1=sample(c(rnorm(40,5,1) + 30)),
                 expa_2=sample(c(rnorm(40,5,1) + 30)),
                 expa_3=sample(c(rnorm(40,5,1) + 30)),
                 expb_1=sample(c(rnorm(40,15,1) + 30)),
                 expb_2=sample(c(rnorm(40,15,1) + 30)),
                 expb_3=sample(c(rnorm(40,15,1) + 30)))
apply(df,1,function(x) t.test(x[2:4],x[5:7])$p.value)

谁能给我解释一下，也许可以给我一个更好的解决方案？

提前致谢

Answer 1

你可以试试

 apply(df[-1], 1, function(x) t.test(x[1:3], x[4:6])$p.value)

第一列是字符/因素。当您执行 apply 时，它会转换为 matrix，并且值将转换为“character”，因为“matrix”只能包含一个类。

例如

 apply(df,1,function(x) x[2:4])[1:3]
#[1] "34.33018" "34.93256" "34.74045"