r - 通过 environment.yml 文件使用 conda 安装 R 包

Question

通常我会创建 conda 环境，例如...

conda env create -f environment.yml
conda activate env_name

通常我使用 Python 工作，其中典型的 environment.yml简单的文件可能看起来像这样......

name: env_name
dependencies:
  - python=3.7
  - pip=19.3
  - pandas=0.24.2
  - pip:
    - scipy==1.2.1

environment.yml应该怎么办？文件看起来像安装 R 包？包裹在 CRAN 上

Answer 1

一般的经验法则是，大多数 R 包在 Anaconda Cloud 中都有相应的包，前缀为 r-添加。而默认 channel 涵盖了常用的软件包， conda-forge channel 对CRAN覆盖最全面，拥有helpful scripts for adding new ones .我通常会建议优先考虑 conda-forge 创建 R 环境时。
对于生物信息学家，所有 Bioconductor 软件包均可通过 获得。 bioconda channel ，带有 bioconductor-前缀和小写。例如，SingleCellExperiment打包为 bioconductor-singlecellexperiment .
一个好的起点是搜索 Anaconda Cloud ( example search )。
例子
假设您想要 tidyverse伞包并希望使用 R v4.1。一个 YAML 将是

name: my_r_env
channels:
 - conda-forge
dependencies:
 - r-base=4.1
 - r-tidyverse

补充说明
避免使用 install.packages()从任何 R session 中 - 由于 R 实例不知道在环境内编译，它很容易出现动态链接问题。这对于纯 R 包来说不是问题，但在这种情况下，将包添加到 应该很简单。 conda-forge (需要大约 15 分钟的工作和大约 12-24 小时的周转时间，IME)。
避免使用 Conda 的 RStudio 包 - 它是一个废弃的项目，旧版本与较新的 R 版本不兼容。这可能会改变一次 RStudio switches from Qt to Electron .仍然， there are better ways将环境加载到 RStudio 中，而无需在环境中安装完整的 IDE。