r - 如何在 R 中显示并行计算中的代码进度？

Question

我现在正在处理一个大型数据集，某些功能可能需要数小时才能处理。我想知道如何通过进度条或数字(1,2,3,...,100)显示代码的进度。我想将结果存储为具有两列的数据框。这是一个例子。谢谢。

require(foreach)
require(doParallel)
require(Kendall)

cores=detectCores()
cl <- makeCluster(cores-1)
registerDoParallel(cl)

mydata=matrix(rnorm(8000*500),ncol = 500)
result=as.data.frame(matrix(nrow = 8000,ncol = 2))
pb <- txtProgressBar(min = 1, max = 8000, style = 3)

foreach(i=1:8000,.packages = "Kendall",.combine = rbind) %dopar%         
{
  abc=MannKendall(mydata[i,])
  result[i,1]=abc$tau
  result[i,2]=abc$sl
  setTxtProgressBar(pb, i)
}
close(pb)
stopCluster(cl)

但是，当我运行代码时，我没有看到任何进度条出现，结果也不对。有什么建议吗？谢谢。

Answer 1

doSNOW 包支持进度条，而 doParallel 不支持。这是在示例中放置进度条的一种方法:

require(doSNOW)
require(Kendall)
cores <- parallel::detectCores()
cl <- makeSOCKcluster(cores)
registerDoSNOW(cl)
mydata <- matrix(rnorm(8000*500), ncol=500)
pb <- txtProgressBar(min=1, max=8000, style=3)
progress <- function(n) setTxtProgressBar(pb, n)
opts <- list(progress=progress)
result <- 
  foreach(i=1:8000, .packages="Kendall", .options.snow=opts,
          .combine='rbind') %dopar% {
    abc <- MannKendall(mydata[i,])
    data.frame(tau=abc$tau, sl=abc$sl)
  }
close(pb)
stopCluster(cl)