r - 与另一个圆弧重叠时自动弯曲圆弧

Question

我正在自动生成其节点需要处于固定位置的图。例如:



实际上有一条从节点 V4 到节点 V16 的弧，但我们没有看到它，因为还有从 V4 到 V10 和从 V10 到 V16 的弧。

请注意，节点和弧线都是自动生成的，并且位置可能会有所不同，因此我需要一个 自动化 曲线隐藏在其他弧后面的弧的方法。

另请注意，这些解决方案均无效:igraph: Resolving tight overlapping nodes ; Using igraph, how to force curvature when arrows point in opposite directions .第一个只是以某种方式放置节点，但我的节点需要修复。第二个简单地处理成对的节点，这些节点有两个以相反方向连接它们的弧线。

更新:图的构建是图的学习过程的结果，该图形成了 Bayesian Network使用 bnlearn 库，所以我不太确定如何生成可重现的示例。节点的位置是固定的，因为它们代表位置。我实际上需要一些魔法，某种重叠弧的检测:如果两个弧重叠，稍微弯曲其中一个以便可以看到。我从链接的问题中知道弯曲弧线是一种选择，所以我想也许可以实现这种魔法

Answer 1

一种解决方案是使用 qgraph包裹。在下面的示例中，它会自动弯曲双向边:

library(igraph)
library(qgraph)

# the raster layout
layout <- cbind(1:3, rep(1:3, each = 3))
# fully connected network
adj <- matrix(1, 9, 9)

# plot directed and undirected network
layout(matrix(1:2, 1, 2))
qgraph(adj, layout = layout, directed = FALSE, title = "undirected")
qgraph(adj, layout = layout, directed = TRUE, title = "directed") # automatically curves the bidirectional arrows

转换 igraph反对 qgraph 可以使用的东西，您只需要一个边列表或邻接矩阵:

g <- make_ring(9)
edgeList <- do.call(rbind, igraph::get.adjedgelist(g))
qgraph(edgeList)

如果你还想包括轴，你可以使用 axis()因为 qgraph 使用基本图形。但是，您可能需要修改 par()以及让它看起来漂亮。