r - 构建 R 包 : no visible global function definition for 'subject'

Question

我是第一次构建 R 包，但遇到了一些麻烦。我正在执行 R CMD 检查并收到以下错误:

get.AlignedPositions: no visible global function definition for 'subject'

我不确定是什么原因造成的。我的代码中甚至没有“主题”变量。代码相当冗长，所以除非有人在评论中询问，否则我宁愿不粘贴所有代码。有什么具体的我应该寻找吗？我唯一能想到的是我有这样一行:

alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted, patternQuality=patternQuality,
                            subjectQuality=subjectQuality,type = type, substitutionMatrix= substitutionMatrix,
                            fuzzyMatrix=fuzzyMatrix,gapOpening=gapOpening,gapExtension=gapExtension,
                            scoreOnly=scoreOnly)

但主题由 pairwiseAlignment 定义Biostrings 包中的函数。感谢您的帮助!

Answer 1

R 发现了一个函数，subject ，在没有名为 subject 的函数的情况下使用可用。一个可能的原因在 this discussion on R-devel 中有解释。 .在这种情况下，有条件地使用代码，例如如果安装了某个包，我们将使用它的功能。在未安装此软件包的系统上检查该软件包时，我们会遇到此类警告。所以请检查是否可能是这种情况。或者，您可能在没有函数存在的情况下调用 subject 犯了一个错误，例如subject不是一个函数而只是一个对象。