r - 分配 n 个 NumericMatrix 的 Rcpp 列表

Question

有没有办法分配一个长度为 n 的 Rcpp List，其中 List 的每个元素都将填充一个 NumericMatrix，但每个 NumericMatrix 的大小可以改变？

我有一个使用 std::list 和 push_back() 的想法，但是列表的大小可能非常大，我想避免在从功能。

下面的 R 代码给出了我希望做什么的想法:

myvec = function(n) {
  x = vector("list", n)
  for (i in seq_len(n)) {
    nc = sample(1:3, 1)
    nr = sample(1:3, 1)
    x[[i]] = matrix(rbinom(nc * nr, size = 1, prob = 0.5),
                    nrow = nr, ncol = nc)
  }
  x
}

这可能会导致类似的结果:

> myvec(2)
[[1]]
     [,1]
[1,]    0
[2,]    1

[[2]]
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    0    1    0
[2,]    0    1    1

更新:根据@Dirk 和@Ralf 的评论，我创建了基于 Rcpp::List 和 std::list 的函数，并在末尾进行了换行。速度比较似乎并不偏向于一个版本优于另一个版本，但也许存在我不知道的低效率。

src = '
#include <Rcpp.h>
// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List myvec(int n) {
  Rcpp::RNGScope rngScope;
  Rcpp::List x(n);
  // Rcpp::IntegerVector choices = {1, 2 ,3};
  Rcpp::IntegerVector choices = Rcpp::seq_len(50);
  for (int i = 0; i < n; ++i) {
    int nc = Rcpp::sample(choices, 1).at(0);
    int nr = Rcpp::sample(choices, 1).at(0);
    Rcpp::NumericVector entries = Rcpp::rbinom(nc * nr, 1, 0.5);
    x(i) = Rcpp::NumericMatrix(nc, nr, entries.begin());
  }
  return x;
}

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List myvec2(int n) {
  Rcpp::RNGScope scope;
  std::list< Rcpp::NumericMatrix > x;
  // Rcpp::IntegerVector choices = {1, 2 ,3};
  Rcpp::IntegerVector choices = Rcpp::seq_len(50);
  for (int i = 0; i < n; ++i) {
    int nc = Rcpp::sample(choices, 1).at(0);
    int nr = Rcpp::sample(choices, 1).at(0);
    Rcpp::NumericVector entries = Rcpp::rbinom(nc * nr, 1, 0.5);
    x.push_back( Rcpp::NumericMatrix(nc, nr, entries.begin()));
  }
  return Rcpp::wrap(x);
}
'
sourceCpp(code = src)

我电脑上的基准测试结果是:

> library(microbenchmark)
> rcpp_list = function() {
+   set.seed(10);myvec(105)
+ }
> std_list = function() {
+   set.seed(10);myvec2(105)
+ }
> microbenchmark(rcpp_list(), std_list(), times = 1000)
Unit: milliseconds
        expr    min      lq     mean  median      uq
 rcpp_list() 1.8901 1.92535 2.205286 1.96640 2.22380
  std_list() 1.9164 1.95570 2.224941 2.00555 2.32315
    max neval cld
 7.1569  1000   a
 7.1194  1000   a

Answer 1

Rcpp 对象是 R 对象的基本问题支配着我的 R 的内存管理，其中调整大小非常昂贵:完整副本。

因此，当我的任务与您的任务类似且大小可能会发生变化或未知时，我经常使用不同的数据结构——STL 为我们提供了很多——并且仅在 返回时转换为 R(cpp) 最后一步。

细节决定成败(一如既往)。简介、实验、……

编辑:从狭义上讲，“我们可以返回具有不同大小的 NumericMatrix 对象列表吗”，答案是当然可以，因为这就是 List对象做。您还可以插入其他类型。