r - 如何仅从 gam.check 获取图

Question

申请时gam.check在 mgcv包裹，R产生一些残差图和基础维度输出。有没有办法只生成图而不是打印输出？

library(mgcv)
set.seed(0)
dat <- gamSim(1,n=200)
b   <- gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3), data=dat)
plot(b, pages=1)
gam.check(b, pch=19, cex=.3)

Answer 1

有四个图，从左上角，向下和穿过我们有:

残差的 QQ 图

残差的直方图

残差与线性预测变量图

观察值与拟合值的图。

在下面的代码中，我假设 b根据您的示例，包含您的拟合模型。首先我们需要一些东西

type <- "deviance"  ## "pearson" & "response" are other valid choices
resid <- residuals(b, type = type)
linpred <- napredict(b$na.action, b$linear.predictors)
observed.y <- napredict(b$na.action, b$y)

注意最后两行应用了 NA模型拟合到 linear.predictors上的信息时使用的处理方法和 y ，响应数据的存储副本。

上面的代码和下面显示的代码都在 gam.check() 的前 10 行左右给出。来源。要查看这个，只需输入

gam.check

在 R 提示符下。

每个图生成如下:

QQ图

这是通过 qq.gam() 产生的:

qq.gam(b, rep = 0, level = 0.9, type = type, rl.col = 2, 
       rep.col = "gray80")

残差直方图

这是使用生产的

hist(resid, xlab = "Residuals", main = "Histogram of residuals")

残差与线性预测器

这是使用生产的

plot(linpred, resid, main = "Resids vs. linear pred.", 
     xlab = "linear predictor", ylab = "residuals")

观察值与拟合值

这是使用生产的

plot(fitted(b), observed.y, xlab = "Fitted Values", 
     ylab = "Response", main = "Response vs. Fitted Values")