r - ggplot 热图显示为空

Question

我有一个包含 1000 多个点的大型数据文件。它是来自 23 个其他 .csv 文件(称为 alltraj)的大型合并文件

它是一种看起来像这样的格式:

    Track   X1        X         Y
1    Point    1 148.5000 306.83333
2    Point    2 149.8333 306.83333
3    Point    3 151.8333 307.16667
4    Point    4 152.5000 308.16667
5    Point    5 156.1667 309.16667
6    Point    6 159.1667 311.16667
7    Point    7 163.1667 311.83333
8    Point    8 166.5000 313.50000
9    Point    9 170.5000 316.16667
10   Point   10 177.1667 321.50000

其中 X1 是时间步长，X 和 Y 是鱼的位置。

我正在尝试使用以下代码制作 X 与 Y 轨迹频率的热图:

(p <- ggplot(alltraj, aes(Y,X)) + 
    geom_tile(aes(fill = X1), colour = "white") + 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue"))

但是，热图完全空白。看起来像这样:

谁能告诉我我的代码中缺少什么导致它变成空白？提前致谢!

编辑:这是我在使用 head(alltraj, n=50) 时尝试运行的前 50 行代码(不幸的是很乱)的副本:

structure(list(Track = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "Point", class = "factor"), 
X1 = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 
13L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 
38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 
50L, 51L), X = c(148.5, 149.8333333, 151.8333333, 152.5, 
156.1666667, 159.1666667, 163.1666667, 166.5, 170.5, 177.1666667, 
180.8333333, 183.5, 186.1666667, 191.8333333, 192.8333333, 
194.1666667, 195.8333333, 195.5, 196.8333333, 197.1666667, 
197.1666667, 197.1666667, 198.5, 198.5, 198.8333333, 198.5, 
197.5, 198.8333333, 199.5, 199.5, 199.5, 199.8333333, 200.8333333, 
199.8333333, 201.1666667, 201.8333333, 202.5, 203.1666667, 
203.1666667, 203.1666667, 204.5, 204.5, 204.5, 204.5, 204.8333333, 
203.8333333, 203.8333333, 204.8333333, 206.1666667, 206.5
), Y = c(306.8333333, 306.8333333, 307.1666667, 308.1666667, 
309.1666667, 311.1666667, 311.8333333, 313.5, 316.1666667, 
321.5, 323.8333333, 325.8333333, 326.1666667, 327.5, 332.1666667, 
338.1666667, 341.5, 346.5, 351.1666667, 355.8333333, 360.1666667, 
364.1666667, 368.5, 371.8333333, 375.1666667, 376.5, 381.8333333, 
385.8333333, 389.5, 392.8333333, 395.8333333, 400.1666667, 
405.1666667, 408.8333333, 413.5, 417.1666667, 420.8333333, 
424.8333333, 427.8333333, 429.8333333, 433.1666667, 434.5, 
435.1666667, 435.1666667, 436.8333333, 436.8333333, 437.5, 
438.8333333, 439.8333333, 440.1666667)), row.names = c(NA, 
50L), class = "data.frame")

我的热图中的比例似乎不对。当我使用前 10 行时，我得到大小合适的点，但是当我使用前 20 行时，点变小了。当我做 30 个时，它们甚至更小。在 50 岁时，它们几乎不可读。如何使点的大小更大？

Answer 1

您的代码生成以下图:

alltraj <- readr::read_table("Track   X1        X         Y
Point    1 148.5000 306.83333
Point    2 149.8333 306.83333
Point    3 151.8333 307.16667
Point    4 152.5000 308.16667
Point    5 156.1667 309.16667
Point    6 159.1667 311.16667
Point    7 163.1667 311.83333
Point    8 166.5000 313.50000
Point    9 170.5000 316.16667
Point   10 177.1667 321.50000")

library("ggplot2")

p <- ggplot(alltraj, aes(Y,X)) + 
    geom_tile(aes(fill = X1), colour = "white") + 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

p

热图不为空。这可能意味着您的可重现示例实际上并没有重现问题...当您运行上面的代码时会发生什么？

空图通常发生在您忘记添加图层时(即您刚刚调用了 ggplot 但没有调用 geom_XXX)。当您认为您已经添加了一个图层但忘记了 + 符号时，也会发生这种情况......

例如，如果您运行以下命令，您将得到一个空图(注意第一行末尾缺少的 +):

p <- ggplot(alltraj, aes(Y,X)) 
    geom_tile(aes(fill = X1), colour = "white") + 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

调查后编辑

使用 geom_tile 在您指定的 X 和 Y 位置创建图 block 。是暗示你的 X 和 Y 已经排列在一个网格中!这里不是这种情况，您最终会得到极小的图 block (宽度最小的 dX 和高度最小的 dY)。

解决方案是使用 geom_bin2d，它首先对您的数据进行分箱(即创建一个粗略的网格)，然后才进行绘图。

在你的小例子中，差异并不明显，但瓷砖已经更大了。您可以选择最合适的 binwidth。

ggplot(alltraj, aes(x=Y, y=X)) + 
    geom_bin2d(colour = "white", binwidth=10)

然而，这确实意味着您不能将 X1 用作 fill(在分箱上下文中没有意义)。如果您需要绘制 X1，则表明您使用了错误的几何图形，并且热图可能不合适。 Markus 在评论中建议您可能有兴趣使用 geom_path。