r - 使用 survminer 在 R 中绘制危害函数？

Question

我们可以使用 survminer绘制生存函数或累积危险函数，但我看不到使用它来绘制危险函数的方法。

例如，

library(survival)
library(tidyverse)
library(survminer)

data(lung)

# Run Kaplan-Meier on the data
mod.lung <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = lung)

# Kaplan-Meier Survival Curve
ggsurvplot(mod.lung)

# Cumulative Hazard
ggsurvplot(mod.lung, fun = function(y) -log(y))

由于累积风险函数是 H(t) = -log(S(t))然后我只需要添加 fun = function(y) -log(y)得到累积风险图。

风险函数为 h(t) = -d/dt log(S(t)) ，所以我不确定如何使用它来获得 survminer 图中的风险函数。

危险函数的另一种定义是 h(t) = f(t)/S(t) ，但是，我不确定如何使用它来获取情节。

我找到了使用 ggplot2 获得危险图的方法， 例如

survival.table1 <- broom::tidy(mod.lung) %>% filter(n.event > 0)
survival.table1 <- survival.table1 %>% mutate(hazard = n.event / (n.risk * (lead(time) - time)))
ggplot() +
  geom_step(data = survival.table1, aes(x = time, y = hazard)) +
  labs(x = "Time", y = "Hazard")

不过，我主要是想用 survminer找到方法。包，部分是为了有一些一致性。

谢谢

Answer 1

在 rms 包中，您可以使用 survplot 函数将“what”参数指定为“hazard”来绘制危害函数与时间的关系图。

https://rdrr.io/cran/rms/man/survplot.html