r - 在 R 中绘制标准误差

Question

我有关于某些鱼类捕捞率的数据。

fish 1  fish 2  fish 3
0.000   3.265   9.872
2.147   1.013   0.000

我使用以下方法计算了每条鱼的平均捕获率:

a <- colMeans(df)

我还计算了标准误差:

stdError <- (sapply(df,sd))/sqrt(length(df))

我使用以下方法创建了一个点图:

dotplot(a, xlab="mean catch", ylab = "species",las =2,)

如何向该图中添加误差线？如果可能，我宁愿不使用 ggplot。我目前正在使用 R 中的内置函数，但可以访问 Lattice。

抱歉，这可能是一个基本问题，我对 R 中的绘图完全陌生。

Answer 1

dotplot是一个格函数，大多数默认格函数对置信区间没有很大的支持。 Hmisc包扩展了大多数晶格函数以更好地合并置信区间。

这是一个如何使用它的示例。请注意，我们将您要在此处绘制的数据合并到一个 data.frame 中，以便我们可以使用适当的公式符号

mm<-data.frame(a,stdError, fish=names(a))

library(lattice)
library(Hmisc)
Dotplot(fish~Cbind(a, a-stdError, a+stdError), mm, 
    xlab="mean catch", ylab = "species",las =2)

这会产生



请注意 Hmisc该函数的版本被称为 Dotplot而 lattice版本被称为 dotplot ;资本化问题。

在这里，我刚刚从平均值中添加/减去了一个标准误差。您可以根据需要计算置信区间。