r - 如何将 stat_ecdf 与 geom_ribbon 结合使用？

Question

我正在尝试使用 绘制一些具有“置信区间”的数据的 ECDF，通过阴影区域表示。 ggplot2 .我在合并时遇到问题 geom_ribbon()与 stat_ecdf()达到我追求的效果。

考虑以下示例数据:

set.seed(1)
dat <- data.frame(variable = rlnorm(100) + 2)
dat <- transform(dat, lower = variable - 2, upper = variable + 2)

> head(dat)
  variable     lower    upper
1 2.534484 0.5344838 4.534484
2 3.201587 1.2015872 5.201587
3 2.433602 0.4336018 4.433602
4 6.929713 4.9297132 8.929713
5 3.390284 1.3902836 5.390284
6 2.440225 0.4402254 4.440225

我能够生成 variable 的 ECDF使用

library("ggplot2")
ggplot(dat, aes(x = variable)) +
    geom_step(stat = "ecdf")

但是我无法使用 lower和 upper如 ymin和 ymax美学 geom_ribbon()将置信区间作为另一层叠加在图上。我试过了:

ggplot(dat, aes(x = variable)) +
    geom_ribbon(aes(ymin = lower, ymax = upper), stat = "ecdf") +
    geom_step(stat = "ecdf")

但这会引发以下错误

Error: geom_ribbon requires the following missing aesthetics: ymin, ymax

有没有办法哄 geom_ribbon()与 stat_ecdf() 合作产生阴影置信区间？或者，任何人都可以建议添加由 lower 定义的阴影多边形的替代方法。和 upper作为 ECDF 图的一层？

Answer 1

试试这个(在黑暗中拍摄一点):

ggplot(dat, aes(x = variable)) +
  geom_ribbon(aes(x = variable,ymin = ..y..-2,ymax = ..y..+2), stat = "ecdf",alpha=0.2) +
  geom_step(stat = "ecdf")

好的，所以这与您尝试做的事情不同，但它应该解释发生了什么。 stat正在返回一个仅包含原始 x 和计算出的 y 的数据框，所以我认为这就是您需要处理的全部内容。即 stat_ecdf一次只计算单个 x 的累积分布函数。

我能想到的唯一另一件事是显而易见的，分别计算下限和上限，如下所示:

l <- ecdf(dat$lower)
u <- ecdf(dat$upper)
v <- ecdf(dat$variable)
dat$lower1 <- l(dat$variable)
dat$upper1 <- u(dat$variable)
dat$variable1 <- v(dat$variable)

ggplot(dat,aes(x = variable)) + 
  geom_step(aes(y = variable1)) + 
  geom_ribbon(aes(ymin = upper1,ymax = lower1),alpha = 0.2)