r - 如果无法安装R软件包，如何使install.packages返回错误？

Question

如果无法安装软件包，则install.packages()返回警告(例如，如果不可用)；否则，它会返回警告。例如:

install.packages("notapackage")

( EDIT :无论软件包无法安装的原因如何，我都想抛出一个错误，而不仅仅是这个缺少软件包的示例)。

我正在脚本中运行 install.packages命令，我希望它触发适当的错误并退出执行。我没有在 install.packages中看到明显的选项来处理此行为。有什么建议么？

Answer 1

刚刚为我自己解决了这个问题，我注意到install.packages()会导致调用library(thepackage)以查看其可用性。

我制作了一个R脚本，用于安装给定的软件包，在每个脚本上使用library来查看其是否可加载，如果不是，则以非0状态调用quit。

我称它为install_packages_or_die.R

#!/usr/bin/env Rscript

packages = commandArgs(trailingOnly=TRUE)

for (l in packages) {

    install.packages(l, dependencies=TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/');

    if ( ! library(l, character.only=TRUE, logical.return=TRUE) ) {
        quit(status=1, save='no')
    }
}

在Dockerfile中像这样使用它。我将它们分为有用的块，以尝试合理利用Docker构建缓存。

ADD install_packages_or_die.R /

RUN Rscript --no-save install_packages_or_die.R profvis devtools memoise

RUN Rscript --no-save install_packages_or_die.R memoise nosuchpackage

免责声明:我目前根本不认为自己是R程序员，因此可能会有更好的方法来做到这一点。