r - 计算R中点与最近邻居之间的平均距离

Question

我正在尝试计算给定点与其最近邻居的 x 数量之间的平均距离，以了解数据集的点与其邻居的距离。在使用 earth.dist() 提供所有点(和全局平均值)之间的完整距离矩阵时，我想找到一个点与其 5 个最近邻点之间的距离。例如:

frame <- data.frame(long = rnorm(100), lat = rnorm(100))
earth.dist(frame)
mean(earth.dist(frame))  # provides the global mean

非常感谢任何和所有帮助到达最近邻居的人。

Answer 1

要为每个点获取 5 个最近的邻居，您可以这样做

library(fossil)
set.seed(15)
frame <- data.frame(long = rnorm(100), lat = rnorm(100))
ed <- earth.dist(frame)
closen <- apply(as.matrix(ed), 1, function(x) order(x)[1:6][-1])

所以第一个点的最近邻居的索引是

closen[,1]
# [1] 41 26 13 75  7