environment-variables - 如何在 MPI 作业中的计算节点上设置环境变量

Question

我不明白在调度程序下使用 MPI 运行时，计算节点上的环境是如何设置的。

我愿意:

mpirun -np 1 --hostfile ./hostfile foo.sh

与 foo.sh :

#!/usr/bin/env zsh                                                                                                  
echo $LD_LIBRARY_PATH

然后我没有恢复我在交互式 shell 中得到的 LD_LIBRARY_PATH ......在与 MPI 连接时执行/获取的初始化文件是什么？

注意:我在 zsh 下，我试图把东西放在 .zprofile 或 .zshenv 而不是 .zshrc 中，但它似乎没有做出改变......我的 LD_LIBRARY_PATH 设置在一个 .profile 中，该文件来自于.bashrc 由 .zshrc 提供。

Answer 1

一些 MPI 实现有一个 -x为此 mpirun 的标志，例如OpenMPI :

-x <env>

Export the specified environment variables to the remote nodes before executing the program. Only one environment variable can be specified per -x option. Existing environment variables can be specified or new variable names specified with corresponding values. For example:

% mpirun -x DISPLAY -x OFILE=/tmp/out ...

The parser for the -x option is not very sophisticated; it does not even understand quoted values. Users are advised to set variables in the environment, and then use -x to export (not define) them.

如果没有，则必须在作业脚本中显式设置环境变量，例如

export LD_LIBRARY_PATH=...